link管理  ›  python 读取保存三维图像数据_python plotly 保存三维图

飞翔的橡皮擦 2 年前

pip install SimpleITK
接着code中使用，注意维度要求。
 
import SimpleITK as sitk
## save
prob = np.array(prob).squeeze(1)[...,0]  # after: [64, 256, 256]
out = sitk.GetImageFromArray(prob)
sitk.WriteImage(out,out_dir+"/"+fname[i].replace(raw_type, proc_type))
## input
itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print("img shape:",img.shape)
注意：这个包不允许使用中文字符！不然报错
 维度：d, h, w = block.shape
 
{:04d}.format 可以保存0000， 0001， 0002 类似的文件名。
 
2.2 可视化
 
导入fiji就可以查看了~
 
                    目录0. Motivation1. 失败的case2. 成功的case2.1 SimpleITK2.2 可视化0. Motivation因为项目需求，我需要将256×256×64256\times256\times64256×256×64大小的图像存入本地，本来数据是h5文件存储的，可是那样不方便可视化。所以，为了直观起见，我想将三维图像数据保存到本地，方便可视化。1. 失败的case使...
fig = go.Figure(data=[go.Mesh3d(x=(70np.random.randn(N)),
y=(55np.random.randn(N)),
z=(40*np.random.randn(N)),
opacity=0.5,
color=‘rgba(244,22,100,0.6)’
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
# 读取 excel 数据
data = pd.read_excel('data.xlsx')
# 获取 x、y、z 坐标数据
x = data['x']
y = data['y']
z = data['z']
# 绘制三维点云图
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax.scatter(x, y, z, c='r', marker='o')
ax.set_xlabel('X Label')
ax.set_ylabel('Y Label')
ax.set_zlabel('Z Label')
plt.show()
其中，`data.xlsx` 是存储数据的 excel 文件，`x`、`y`、`z` 分别是 excel 表格中的三列数据，表示三维坐标系中的 x、y、z 坐标。使用 `scatter` 函数绘制三维点云图，`c` 参数表示点的颜色，`marker` 参数表示点的形状。最后使用 `set_xlabel`、`set_ylabel`、`set_zlabel` 函数设置坐标轴标签，使用 `show` 函数显示图像。