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canda 安装的jcvi 遇到字体错误: UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

  • python版mcscan
  • canda 安装的jvvi 遇到字体错误:
    Helvetica.ttf

    /biosoft/miniconda/envs/genefamilyenv/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:1333: UserWarning: findfont: Font
    family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans
    (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

    由于服务器里没有这种字体

    /.../software/Python-2.7.8/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/font_manager.py:1316: UserWarning: findfont: Font family [u'sans-serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans
      (prop.get_family(), self.defaultFamily[fontext]))

    1. ~/.cache/matplotlib/fontList.json文件存储了matplotlib运行是会调用的字体信息;出现上述错误说明该文件中必然没有Helvetica相关的信息,或者对应的Helvetica.ttf文件;

    2. 在网上下载一个Helvetica.ttf文件,放在matplotlib的font目录(***/matplotlib/mpl-data/fonts/ttf/)或者系统的font目录下都行(/usr/share/fonts/);

    3. 删除~/.cache/matplotlib目录,重新运行你的画图脚本;此时程序会自动在~/.cache目录下生成matplotlib目录以及fontList.json文件;

    一般来说到这里就应该成功了。



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    基因家族物种间共线性,老师,为什么我的物种间共线性分析总是报错,我检查了文件格式他还是报错。 我用这个物种的文件vs这个物种的文件就可以得到结果,两个不同的就没有结果,文件应该没有问题。这是为什么呀老师?(下面的图片也是同一个物种,但是不是同一个网站的数据) 比较基因组学 关于绘制3个以上的物种基因家族进化与同源关系(mcscan python版本) 基因家族 共线性分析 运行报错 如何修改Jcvi的layout文件作出如下图所示的多物种间的共线性图 MCScanX 请问,首次使用MCscan (Python version)可视化作图时,没有mcscan_seqids和mcscan_layout文件,该怎么创建这两个配置文件呢?自己创建的配置文件运行后,结果文件有问题