Singularity容器技术在功能上类似于Docker，使用上与Docker略有不同。Docker用户可以轻松上手使用。由于Docker 在安全、权限、高速网络支持、MPI并行支持等各方面天生且无法修补的缺陷，导致 Docker 在超算上不适合使用，为了适应超算特有的平台环境，出现了一些专门为超算环境开发的容器软件，在目前适合于超算的容器软件里，Singularity 的兼容性最好，对超算特性支持最完整，运行性能也是最好的。

一、脚本模板

 #!/bin/bash
 #SBATCH --nodes=1                   # 节点数量
 #SBATCH --ntasks-per-node=56        # 每个节点核心数量
 #SBATCH --ntasks=56                 # 总核心数
 #SBATCH --partition=g1_share        # 队列分区且必须指定正确分区
 #SBATCH --job-name=singularity             # 作业名称
 #SBATCH --output=sin.%j.out        # 正常日志输出 (%j 参数值为 jobId)
 #SBATCH --error=sin.%j.err         # 错误日志输出 (%j 参数值为 jobId)
 ##############################################
 #          Software Envrironment             #
 ##############################################
 unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
 export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数
 module load singularity/3.10.0        # intel 环境加载
 ##############################################
 #               Run job                      #
 ##############################################
 singularity exec --bind /home/cloudam/singularity/lammps:/home/cloudam/singularity/lammps  lammps.sif mpirun  lmp_mpi -in M-1.in
 ###--bind 参数 同 -B 映射目录 主机目录：容器目录

# 安装go export VERSION=1.17.2 OS=linux ARCH=amd64 wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz rm -f go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> /etc/profile source /etc/profile # 安装singularity export VERSION=3.9.2 wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz cd singularity-ce-${VERSION} ./mconfig --prefix=/opt/singularity/${VERSION} cd builddir/ make && make install echo "export PATH=/opt/singularity/${VERSION}/bin:\$PATH" >> /etc/profile

singularity build --sandbox ansys2022R1 docker://centos:7.6.1810
 #build 构建命令；--sandbox 可写容器镜像，不加这个后缀 默认创建sif只读模式镜像； molspin 构建容器名
#docker:// ubuntu:18.04
##可以在 docker 镜像库查找对应版本镜像   https://hub.docker.com/search?image_filter=official&q=

#Definition 容器构建文件
Bootstrap: docker #选择构建镜像的代理 docker library shub
From: tensorflow/tensorflow:latest-gpu #选择要构建的镜像
Stage: build
%files #从主机复制文件到容器内部
    /var/py/train.py /opt/train.py
%environment #设置环境变量
    export LISTEN_PORT=12345
    export LC_ALL=C
%runscript #容器运行时执行
    echo "Container was created $NOW"
    echo "Arguments received: $*"
    exec echo "$@"
%labels #设置 镜像上的标签
    Author [email protected]
    Version v0.0.1
%help #设置帮助文档
    This is a demo container used to illustrate a def file that uses all
    supported sections.

构建build

singularity build jason-tf.sif jason_tf.def

# 创建sandbox；
# 这里将创建的sandbox命名为ubuntu20_lammps,并使用docker hub上现有的容器 ubuntu:20.04 作为基础镜像。
singularity build --sandbox ./ubuntu20_lammps docker://ubuntu:20.04
# 进入创建好的sandbox，并进行修改；
# 其中-w表示可写。进入后singularity会自动挂载的HOME目录，如果是用root用户进入，则会挂载/root目录
singularity shell -w ./ubuntu20_lammps
# Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包
apt update && apt upgrade -y
apt install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev -y
apt 域名
# 安装fftw
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.9.tar.gz
tar zxvf fftw-3.3.9.tar.gz
cd fftw-3.3.9
./configure --prefix=/opt/software/fftw_3.3.9 --enable-shared --enable-static --enable-fma
make -j && make install
# 设置临时fftw环境变量
export PATH=/opt/software/fftw_3.3.9/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/software/fftw_3.3.9/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# 安装lammps
wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-10Feb21.tar.gz
tar zxvf lammps-10Feb21.tar.gz
cd lammps-10Feb21
cd src
vim MAKE/OPTIONS/Makefile.g++_openmpi # 修改如下行
  FFT_INC = -DFFT_FFTW -I/opt/software/fftw_3.3.9/include
  FFT_PATH = -L/opt/software/fftw_3.3.9/lib
  FFT_LIB = -lfftw3
make yes-std
make no-lib
make -j g++_openmpi
mkdir /opt/software/lammps
cp ./lmp_g++_openmpi /opt/software/lammps/
# 设置临时lammps环境变量
export PATH=/opt/software/lammps:$PATH
# 验证(容器内)
cd /root
cp /opt/lammps-10Feb21/bench/in.lj .
mpirun --allow-run-as-root -np 2 --mca btl ^openib lmp_g++_openmpi -in in.lj
# 退出容器，设置永久环境变量(宿主机)
vim ./ubuntu20_lammps/environment
# 加入下面两行
export PATH=/opt/software/fftw_3.3.9/bin:/opt/software/lammps:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/software/fftw_3.3.9/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# 验证(宿主机)
singularity exec ./ubuntu20_lammps mpirun --allow-run-as-root -np 2 --mca btl ^openib lmp_g++_openmpi -in in.lj
# 把修改好的sandbox打包成sif格式；
# 删除不必要的安装包, 如 fftw-3.3.9.tar.gz lammps-10Feb21.tar.gz
# 使用前面创建的sandbox目录生成singularity image file格式镜像。
singularity build ubuntu20_lammps.sif ./ubuntu20_lammps
上传ubuntu20_lammps.sif 到集群环境中。
使用提交脚本进行提交作业。