酿制正宗烧酒有三个重要程序。即制曲、发酵（糖化、酒精发酵）和蒸馏。制曲是把大米或大麦等原料蒸熟，然后在蒸熟的原料上撒上被称作酒曲菌的微生物，在严格的温度和湿度管理中，让酒曲菌繁殖成酒曲。酒曲中会形成促使原料糖化的酵素，还会产生防止酒糟酒腐化的柠檬酸。
在发酵过程中，原料主要发生了糖化和酒精发酵两个变化。糖化是指大米或甘薯中淀粉类物质在酒曲的酵素作用下分解为葡萄糖的过程。酒精发酵是指利用被称为酵母的微生物，使葡萄糖转化为酒精的过程。不同的酵母在转化过程中产生的香味和味道都有所不同，是影响烧酒酒质的一个重要原因。蒸馏是把发酵形成的酒精成分回收的过程。
酿造正宗烧酒时使用的是单式蒸馏机，采用常压蒸馏或减压蒸馏等不同的蒸馏方法，可使原酒的酒质也有所不同。

以普通甘薯烧酒为例。首先，在蒸好的大米上撒上酒曲菌，严格进行温度、湿度管理，酿制米曲。然后，将米曲、水和酵母混合，进行第一次发酵，形成第一次酒糟酒。这个过程主要是繁殖酒精发酵时所必须的酵母。第一次发酵大概进行了6天后，形成的第一次酒糟酒和主要原料的甘薯、水一起进行第二次发酵，形成第二次酒糟酒。第二次发酵进行了9天后，形成的第二次酒糟酒经过蒸馏等程序，便酿制成了烧酒的原酒。
这原酒经过熟成、储藏后，再进行混合、兑水等程序便制成了烧酒。 酿造烧酒时使用的酒曲菌为米曲菌的一种，它属孢子繁殖。
米曲菌的种类不同，孢子的颜色也不一样；黑曲菌的孢子为黑色，白曲菌的孢子为白色，黄曲菌的孢子为黄色。（如照片所示）
把酒曲菌撒在蒸好的米饭上，让酒曲菌在米饭中繁殖，这样便形成了米曲。
黄曲菌是酿制清酒时使用的酒曲菌，古时酿制烧酒时也使用它。
但是南九州气候温暖，酒糟酒中易生杂菌，致使酒糟酒腐败之事频有发生。
因此在温暖的南九州，为了使烧酒酿造平稳进行，黑曲菌和白曲菌逐渐代替了黄曲菌。
菌在繁殖过程中会产生柠檬酸，能使酒糟酒的ph值下降，从而起到抑制杂菌繁殖的作用。
另外，柠檬酸在蒸馏过程中不会挥发，对烧酒的香味没有影响，所以黑白两种曲菌在烧酒酿制中应用非常广泛。
黑曲菌在泡盛酒及烧酒酿造中被广泛使用。
后来发现了黑曲菌的变异体白曲菌，由于具有不容易弄脏工作服等优点，白曲菌慢慢取代了黑曲菌，被广泛使用。
近年来，用黑曲菌酿制的烧酒再次受到人们的关注，所以用黑曲菌酿制的烧酒也慢慢多起来。
在萨摩金山藏酒厂，我们使用黄金曲酿造烧酒。
黄金曲是1911年（明治44年）台湾总督府中央研究所的中泽亮治博士发现并分离成功的酒曲菌种。它被保存在东京大学，被我们公司找到后，成功地应用于烧酒酿造业中。
使用黄金曲酿制的烧酒，饮后有一种独特的清凉和爽快感觉，香醇可口，韵味深远。 有关烧酒酿造技术的传入，有”大陆直接传入”、”经由朝鲜传入”及”经由琉球传入”等诸多说法。大概是15世纪后期或16世纪前期，据说烧酒的酿造技术已传入日本了。
1546年在萨摩半岛揖宿郡生活过半年的葡萄牙船船长乔治・阿尔瓦雷斯受圣方济・沙勿略之托，所写的日本见闻录《日本报告》中，就有”让我喝了一种饮料，是用米酿制的一种烧酒……”的记载。
这就是关于烧酒的最古老的记载。
另外，1559年大口市郡山八幡神社实施改装工程时，被动员而来的木匠们始终没有被当家邀请喝过一次烧酒，他们在上梁牌上记录了他们的怨恨。后来，这块上梁牌被发现了。
这是在日本现存最早的”烧酒”的文字