MSIX 和 MSI/EXE 是 Windows 应用程序的两种不同打包格式。MSIX 是一种较新的打包格式，与传统的 MSI/EXE 包相比，它提供了多种优势，例如简化的用户体验、自动更新和防篡改措施。将打包的应用程序上传到 Microsoft 应用商店时，有两个主要选项：将应用程序打包为 MSIX 或从网站列出现有的 EXE 或 MSI。

如果将应用程序打包为 MSIX，Microsoft Store 将提供免费托管、代码签名和自动更新等功能。另一方面，如果您从网站列出现有的 EXE 或 MSI，您将负责托管和相关费用，以及使用证书颁发机构 （CA） 颁发的证书进行代码签名，该证书是 Microsoft 受信任根计划的一部分。

关于应用程序的安装路径，不一定由打包格式决定。安装路径可以由应用程序开发人员在打包过程中指定。因此，MSIX 打包的应用程序可能与 MSI/EXE 打包的应用程序具有相同的安装路径。

总之，使用 MSIX 和 MSI/EXE 打包的应用程序上传到 Microsoft Store 之间的主要区别在于 Microsoft Store 提供的支持和功能级别。应用程序的安装路径不一定由打包格式决定，而是由应用程序开发人员决定。