NGS 应用 - 帝肯

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疾病的发展：了解不同的成果

Shain博士及其同事对黑色素瘤中致病突变的发生顺序进行了进化研究。他们的研究着眼于37个FFPE样本和293个癌症相关基因，这些基因使用 Ovation® Ultralow 文库系统制备DNA文库。他们的工作表明，黑色素瘤进化过程中发生了一系列遗传交替，决定了不同黑色素瘤亚型的轨迹。

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外显子法：全外显子测序

全外显子测序（WES）仅覆盖蛋白质编码基因，约占全基因组的3%。然而，正是这些蛋白质编码基因承载着与人类疾病相关的大多数遗传变异。因此，外显子测序提供了许多好处，同时大大降低了测序成本和时间。将 Celero ™ EZ DNA-Seq 文库制备与外显子组富集相结合，具有多个核心优势，包括单个磁珠纯化步骤，可简化工作流程并节省成本和时间。

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肿瘤免疫治疗：RNA测序指导

在这份出版物中，Koyama、Akbay和Li等人利用肺腺癌的小鼠模型研究了肿瘤免疫疗法抗性的发展，并定义了与PD-1阻断的适应性抗性有关的生物标志物。该团队使用 Ovation® Universal RNA-Seq 系统来进一步研究T细胞和免疫疗法抗性和未治疗的肿瘤。

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Tab 02 / 传染病
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揭示病因：应用RNA测序进行疾病诊断

Wilson博士及其团队使用帝肯的 Ovation RNA-Seq System V2 确定了一种由变形虫Balamuthia mandrallis引起的罕见脑炎，以帮助检测脑脊液样本中的B. mandrallis转录物

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选择宿主：宿主-病毒互作的新见解

Abrisch博士及其同事使用 Ovation Ultralow System V2 制备ChIP-seq文库，研究单纯性疱疹病毒I感染时基因组结合Pol II水平的变化。他们的工作为病毒诱导的宿主基因表达调控变化提供了新的见解。

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保护性相关性：对血清转换的反应

Laughlin 团队利用 Ovation RNA-Seq System V2 和帝肯文库系统研究接种裂谷热疫苗的牛和羊保护性血清转化前的潜在遗传事件。他们的研究确定了与疫苗诱导的免疫反应和调节相关的时间依赖性基因表达变化。

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Tab 03 / 液体活检
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筛选生物标志物：基因表达到肿瘤预测

Moshayoff博士及其同事利用 Ovation® PicoSL WTA 系统进一步研究早期结直肠癌（CRC）和晚期腺瘤（AA）的特征。将当前的分子知识与无细胞RNA的全转录组分析相结合，该团队定义了一组标记物，以进一步研究CRC和AA。

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血液样本的 NGS 分析：去除球蛋白

使用NGS对全血进行转录组分析是一种无偏差的生物标志物研究和发现方法。然而，进行全血mRNA-Seq时的主要挑战之一是存在大量的球蛋白mRNA（高达80%），这些mRNA侵占了测序空间，而没有提供有用的生物学信息。该论文描述了使用能够去除人源球蛋白AnyDeplete的 Universal Plus mRNA-Seq 文库制备试剂盒从全血中获取mRNA-Seq的简单工作流程。

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甲基化生物标志物：液体活检的新工具

Legendre和Gooden 等人分析乳腺癌患者和健康个体的游离DNA。使用 Ovation® Ultralow Methyl-Seq 文库系统，作者研究了肿瘤特异性特征，并确定了与转移性乳腺癌相关的21个高甲基化热点。

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Tab 04 / 农业基因组学
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简化测序基因分型

IGA 技术服务的 Davide Scaglione 博士使用 Allegro 靶向基因分型同时检测数千个样本中的数千个 SNP。

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从转录组学的角度研究抗旱性

Rodrigues 等人使用 Ovation® Universal RNA-Seq系统研究研究大豆（最重要的经济作物之一）的全转录组谱，以确定不太容易受到干旱条件影响的植株。

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表观遗传学是遗传特征的解读

Moreno-Romero博士的研究重点是鉴定胚乳发育早期阶段发生的表观遗传修饰。使用 Ovation Ultralow Methyl-Seq Library System 制备甲基化测序文库，使用 Ovation Ultralow Library System V2 制备 ChIP-seq 文库，仅使用非常少量的起始样本。

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Tab 05 / 微生物组学
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调节疾病:疾病结果的社区效应

Perlejewski 等人使用帝肯的 Ovation® RNA-Seq System V2 研究了多发性硬化症（一种中枢神经系统的慢性脱髓鞘疾病）患者的微生物组组成。

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以石油为生:来自土壤微生物的攻击

Bell 博士及其同事使用 Ovation Ultralow Library System V2 研究土壤微生物组成的改变及其对原油降解的影响。

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超级共生体:微生物对消化和病原体防御的贡献

Peterson和Scharf对东部地下白蚁的细菌和原生生物共生体在存在和不存在真菌病原体的情况下的进行了宏转录组学分析。作者将帝肯的Ovation Complete Prokaryotic RNA-Seq系统与针对白蚁，原生生物和真菌病原体的定制靶向去除寡核苷酸结合使用，以最大限度地提高其数据中的信息测序读数。Tecan’s Ovation Complete Prokaryotic RNA-Seq System

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获取能量:监测农作物消化器中的微生物组

Weithmann，Weig和Freitag展示了农业能源作物消化器中微生物群落的特征。作者使用 Ovation Rapid Library System 制备16S扩增子进行测序，随着新的沼气生产工厂的建立，在空间和时间上跟踪物种。

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加入抗药性:跨环境分析抗生素基因

Versluis等人研究一系列物种的微生物群以检测抗生素抗性基因。将 Ovation RNA-Seq System V2与富含细菌的样品一起使用，以研究在各种生态位中发现的基因。The Ovation RNA-Seq System V2 was utilized with bacterial enriched samples to characterize the genes found in a variety of ecological niches.

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追踪病原体:用于质控的宏基因组法

Yang博士及其同事开发了一种宏基因组工作流程，以监测牛肉生产链中不同纵向步骤环境样本中食源性病原体的存在。在这项研究中，帝肯的 Ovation Ultralow DR Multiplex System 被用于有限起始量的微生物样本的测序。

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Tab 06 / 表观遗传学
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帝肯解决方案既能研究DNA中的表观遗传变化，又能阐明这些变化对基因表达的影响。我们的甲基测序系统可以通过亚硫酸氢盐测序研究DNA的直接甲基化，而我们的 Ovation® Ultralow Library Systems 可以快速构建ChIP-Seq、fair-seq、Hi-C等样本的文库。与我们的 RNA-Seq library systems 结合使用，研究人员可以探测感兴趣的表观遗传修饰及其相关的基因表达变化。

研究人员发现的证据表明，不同的胞嘧啶修饰在功能上是不同的，因此应该独立研究，以更好地理解它们的生物学影响。为了区分胞嘧啶DNA修饰，帝肯与 CEGX 合作，将我们的 Methyl-Seq NGS library prep kits 与CEGX的TrueMethyl®相结合，以实现5mC和5hmC的单碱基分辨并行精确定量。

在此处了解有关区分DNA修饰的更多信息。

通过ZFP57维持亲本的特异性基因表达

遗传印记是一种现象，通过表观遗传学“标记”母系或父系等位基因以控制基因表达。 Riso 等人使用 Ovation Ultralow System V2 和 Ovation Ultralow Methyl-Seq 描述了ZFP57在小鼠干细胞中维持这些表观遗传标记中的作用。作者的结论表明， ZFP57在维持调控印迹基因表达的印迹控制区域的甲基化状态中起着关键作用。

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绘制神经退行性疾病中的羟甲基化模式

Mill博士是英国埃克塞特大学医学院的表观遗传学教授，他对了解大脑基因组变异的原因和后果，以及它在神经精神和神经退行性疾病中的作用非常感兴趣。为了更好地了解DNA甲基化和羟甲基化如何在神经生物学中发挥作用，Mill博士的研究利用了 TrueMethyl oxBS 技术来量化这些DNA修饰的“真实”水平，并更好地确定基因调控如何在特定神经细胞群中受到影响。

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在小鼠早期发育过程中观察到的染色质修饰的动态变化

发育是一个非常动态的过程，受染色质修饰变化的密切调节。在这项研究中，Zylicz及其同事研究了表观遗传学如何影响早期胚胎发育过程中的基因组。Zylicz等人利用 Ovation RNA-Seq System V2 , Ovation Rapid Library System , Ovation Ultralow Library System , 和 Ovation Ultralow Methyl-Seq Library System 进行了综合分析，以了解表观遗传学如何影响转录调控和染色体修饰。他们的发现确定了两种酶（EZH2和G9a），它们显着影响组蛋白的甲基化，从而影响发育过程而决定细胞命运。

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甲基化生物标志物: 液体活检的新工具

Legendre and Gooden et. al分析乳腺癌患者和健康个体的游离DNA。使用 Ovation Ultralow Methyl-Seq 文库系统，作者通过识别与转移性乳腺癌相关的21个高甲基化热点来定义肿瘤特异性特征。

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表观遗传学作为遗传性状的解读

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回答: 疾病发展中的基因失调

Mannini博士及其同事研究了内聚复合体在基因转录中的作用。科学家们使用多种正交方法，包括 Ovation Ultralow Library System V2 ，以揭示基因失调对Cornelia de Lange综合征潜在机制的影响。

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