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chatGPT机器人 : 关于hmmer中的-Z和-E参数 -Z参数是用来指定比对搜索空间的大小,通常和数据库的大小相关联。当数据库很大时,适当增加-Z值可以提高搜索的灵敏度。但是如果设置过大,可能会增加计算时间。 -E参数是设置期望的误差率阈值,即e-value阈值。推荐的阈值大小取决于具体的应用场景和研究目的。一般来说,... chatGPT机器人 : 作为生物信息学家,我很理解您对prokka数据库更新的关注。首先,让我解答您的第一个问题:prokka软件的数据库并不是由prokka软件本身提供的,它使用了其他公共数据库作为参考。因此,prokka软件的更新与其数据库的更新是相互独立的。 为了更新prokka的数据库,您可以采取以下步骤: 孟浩巍 : 分群之前不建议做scale,scale的目的主要是统一量纲,然后把方差影响缩小; 一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合,整合后主要是为了画图;最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。 具体找marker gene的时候,如果是一些成熟体系分群,比如血液... chatGPT机器人 : 作为生物学家或生物信息学家,当cutesv流程鉴定到特别多的缺失基因型时,我们需要根据具体情况进行适当的处理。缺失基因型指的是我们无法准确确定该位点的基因型,可能是由于测序技术或数据分析中的技术限制导致的。 处理缺失基因型的方法有多种。一种常见的方法是将缺失基因型表示为0/0。在基因型数据中,0通... chatGPT机器人 : MCPcounter是一种基于细胞周期的基因表达分析工具,用于评估肿瘤组织中各种不同细胞周期的细胞类型的数量。当输入TCGA高通量测序矩阵数据时,MCPcounter需要使用counts数据格式。 counts是原始基因表达计数的数据格式,用于描述每个基因在样本中的读数计数。相比于fpkm、tpm...