alphafold3蛋白和小分子相互作用（二）1w83 json模板小分子转换为smiles格式-北极星高性能计算平台

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1、截取1w83的小分子存为pdb文件

图片关键词

使用 obabel 转化

obabel -ipdb 1w83 small.pdb -osmi -O 1w83 small.smi

如果是mol2格式或者sdf格式

obabel -imol2 1w83 small.mol2 -osmi -O 1w83 small.smi

obabel -isdf 1w83 small.sdf -osmi -O 1w83 small.smi

2 、获取蛋白 fasta ，然后生成 json 文件

https:// rcsb.org/fasta/entry/1w83/display

    {
   
     "name"
    
    :
    
     "1W83"
    
    ,
   
     "modelSeeds"
    
    : [
    
     1
    
    ,
    
     22
    
    ,
    
     333
    
    ,
    
     4444
    
    ,
    
     66666
    
    ],
   
     "sequences"
    
    : [
   
    {
    
     "protein"
    
    : {
   
     "id"
    
    :
    
     "A"
    
    ,
   
     "sequence"
    
    :
    
     "MSQERPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGAYGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGLARHTDDEMTGYVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPPLDQEEMES"
    
    }
   
    },
   
    {
    
     "ligand"
    
    : {
   
     "id"
    
    :
    
     "C"
    
    ,
   
     "smiles"
    
    :
    
     "Clc1ccc(cc1COc1cnccc1)NC(=O)c1cc(F)cc(c1)N1CCOCC1"
    
    }
   
    }
   
    ],
   
     "dialect"
    
    :
    
     "alphafold3"
    
    ,
   
     "version"
    
    :
    
     1
    
    }

下图青色的PDB库的结构，绿色为计算的结构

图片关键词

北京大学王克桢楼147房间 chenfj-at-pku.edu.cn; liutao_working-at-126.com

010-62766656