使用 $lookup 阶段将需要合并的多个数据库的集合连接起来。 $lookup 阶段可以将一个集合的字段与另一个集合的字段进行关联查询，类似于SQL中的JOIN操作。 例如，假设有两个数据库 db1 和 db2 ，每个数据库中都有一个集合 collection1 和 collection2 ，可以使用以下方式将它们进行合并查询：

db.collection1.aggregate([
    $lookup: {
      from: "db2.collection2",
      localField: "_id",
      foreignField: "referenceId",
      as: "mergedData"
使用其他聚合操作阶段对合并后的数据进行筛选、排序、分组等操作。例如，可以使用 $match 阶段筛选出符合条件的文档，使用 $sort 阶段对文档进行排序，使用 $group 阶段将文档按照某个字段进行分组等。
注意事项：
在 $lookup 阶段中，需要指定正确的集合名称和数据库名称，并且确保连接字段的数据类型和值匹配。
合并查询可能会导致性能下降，特别是当连接的数据量非常大时。考虑到性能问题，可以在进行合并查询时使用索引来优化查询速度。
合并查询可能会导致结果集过大，需要根据实际情况选择合适的筛选条件和分页方式。
请根据实际需求和数据结构调整和扩展上述示例代码。