test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3 test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4 colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "") rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "") # Draw heatmaps pheatmap(test)

使用上面的矩阵做热图，要求低值为蓝色，高值为红色，中间值为白色：

pheatmap(test,
         scale = "none",
         color = colorRampPalette(colors = c("blue","white","red"))(100)
现在要求0的位置为白色，并且色条范围为-1到6，这里使用breaks参数重新定义色条范围并根据break范围划分颜色范围，代码如下：
#breaks
bk <- c(seq(-1,-0.1,by=0.01),seq(0,6,by=0.01))
# Draw heatmaps
pheatmap(test,
scale = "none",
color = c(colorRampPalette(colors = c("blue","white"))(length(bk)/2), colorRampPalette(colors = c("white","red"))(length(bk)/2)),
legend_breaks=seq(-1,5,2),
breaks=bk)
关于colorRampPalette
colorRampPalette 函数支持自定义的创建一系列的颜色梯度
代码示例：
colors <- colorRampPalette(c("blue", "red"))(5)
colors
[1] "#0000FF" "#3F00BF" "#7F007F" "#BF003F" "#FF0000"
函数的参数c(“blue”, “red”) 指的是颜色从蓝色渐变到红色，5 代表创建长度为5的颜色梯度
保存为PDF
pheatmap这个包使用的是grid图形系统而非ggplot2，所以解决方法也是不同的。通过自定义函数来生成，也可一次绘制多个对象的图形。
save_pheatmap_pdf <- function(x, filename, width=7, height=7) {
  stopifnot(!missing(x))
  stopifnot(!missing(filename))
  pdf(filename, width=width, height=height)
  grid::grid.newpage()
  grid::grid.draw(x$gtable)
  dev.off()
save_pheatmap_pdf(xx, "C:\\Users\\Jin Wang\\Desktop/test.pdf",8,12)
王 进（Jingle）
本网站主要用于个人科研方法整理以及生活分享，欢迎各位留言一起学习探讨，共同进步。如果想更多的了解我，欢迎查看我的简历。
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