近日，我院基因组与生物信息研究所副所长谢鹭课题组与复旦大学附属中山医院肝研所实验室主任吴伟忠课题组合作在Biomarker Research（IF=11.1）发表题为“Neoantigen-targeted TCR-engineered T cell immunotherapy: current advances and challenges”的综述论文，探讨了基于新抗原靶向的TCR-T的过继T细胞免疫疗法的最新进展及关键技术与挑战。
采用T细胞受体工程化T细胞（TCR-T）的免疫细胞治疗是一种有望在癌症治疗中取得显著效果且不会出现明显副作用的疗法。在人体内，成熟的T细胞拥有难以置信的多样T细胞受体（TCR），理论上能够对肿瘤细胞产生的各种随机突变（即肿瘤新抗原）做出反应，使得TCR-T免疫疗法成为克制肿瘤的理想选择。然而，目前使用TCR-T细胞疗法进行的临床试验结果并不十分成功，特别是涉及到实体瘤的情况，该疗法在高效筛选肿瘤特异性抗原及其相应的TCR方面仍面临许多挑战。
发表综述首先深度解读了基于TCR结构的抗原识别和信号传导，揭示了其在调控免疫反应中的独特机制，为理解TCR-T免疫疗法奠定了理论基础。文章主体内容为：结合了谢鹭课题组在新抗原及TCR相关领域的生物信息学成果，以及吴伟忠教授课题组通用的实验方法体系，描述了新抗原及其特异性TCR筛选技术的策略和最新进展；汇总了当前正在进行的基于新抗原的TCR-T疗法的临床试验；强调计算预测和实验验证相结合的策略尤为重要，这种省时高效的方法可能为个性化免疫治疗提供可选择性和保障。最后，文章重点介绍了目前基于新抗原的TCR-T细胞免疫疗法面临的挑战，如肿瘤细胞的异质性、新抗原预测的准确性、TCR的递送/错配等，并一一给出了相应的可能解决方案。文章最后讨论了基于新抗原的个性化TCR-T疗法的发展前景。在组学研究技术不断进步的生物医药时代背景下，新抗原为个性化免疫治疗提供了广阔的应用空间。而将TCR-T细胞疗法优化简化，并与其他治疗方法结合是未来趋势，有望在更广泛的癌症患者中实现更机动的治疗或预防功效。
复旦大学附属中山医院肝癌研究所吴伟忠教授与我院基因所生物信息学研究组组长谢鹭研究员为文章共同通讯作者，复旦大学附属中山医院肝癌研究所庞智与生物信息学研究组鲁曼曼为文章共同第一作者。
近年来，基因所生物信息学研究组基于其在蛋白质组学领域深厚的研究基础，已经自主建立了比较完整的肿瘤新抗原计算研究体系，在计算预测流程、计算筛选算法、比对数据库、临床应用打分系统等几个方面共发表了13篇学术论文，3篇综述。论文多篇发表于中科院一区或二区杂志如Molecular Therapy-Nucleic Acids, Frontiers in Immunology, Computational and Structural Biotechnology Journal, Cells, Database, Genome Medicine等。原创了3 个软件工具、2 个数据库、2 个机器学习算法、2 个深度学习算法、1 个综合打分算法，为相关领域的全球学者提供了6 个网页版应用（web server）。该体系性工作受邀在2023年2月的全国生物信息学大会报告，在2023年8月的韩国国际质谱学术会议上报告。并作为代表性成果之一在上海市疾病与健康基因组所重点实验室学术委员会年会上做了报告交流。该系列研究受到国家重大基础研究项目973及国家自然科学基金面上项目等支持。