中国科学院上海药物研究所（以下简称“上海药物所”）的研究生教育始于1955年，是中国科学院研究生培养工作开展最早的单位之一。2000年经国务院学位委员会审核，获批药学一级学科硕士、博士学位授予权，2010年获批药学硕士专业学位授予权，2018年获批中药学一级学科硕士学位授予权。在全国第四轮学科评估中，药学学科取得A+的优秀成绩。2014年，中国科学院大学（以下简称“国科大”）批准以上海药物所为主体成立中国科学院大学药学院，成为国科大集中培养高层次药物研发创新人才的专业学院。2019年通过联合办学，牵头建设国科大杭州高等研究院药物科学与技术学院、长三角（海门）药学高等工程学院、中国科学院药物创新研究院中山药学院。共培养国科大学籍研究生2075人，联合培养研究生765人。现有在岗研究生导师141人，其中博士生导师72人。在读学生总数1512人，其中国科大学籍研究生768人，联合培养研究生744人（含分支学院）。