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<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<meta charset="UTF-8">
<title>Title</title>
</head>
<h2 style="color:DodgerBlue;">File Uploader</h2>
<form id = "upload-form" action = "{{ url_for('upload') }}" method="POST" 
 enctype="multipart/form-data">
<input type = "file" name = "file" accept = "files/*" multiple>
<input type = "submit" value = "submit">
</form>
</body>
</html>

import os
from flask import Flask, request, render_template, send_from_directory
app = Flask(__name__)
APP_ROOT = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
@app.route("/")
def index():
    return render_template("upload.html")
@app.route("/upload", methods=["POST"])
def upload():
    target = os.path.join(APP_ROOT, 'Athena_XML_files/')
    print(target)
    if not os.path.isdir(target):
        os.mkdir(target)
    for file in request.files.getlist("file"):
        print(file)
        filename = file.filename
        destination = "/".join([target, filename])
        print(destination)
        file.save(destination)
    return render_template("complete.html")
@app.route('/run_script')
def run_script():
    app.config.from_pyfile("main.py")
    return render_template('result.html')
if __name__ == "__main__":
    app.run(port=4555, debug=True)

<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<meta charset="UTF-8">
<title>Title</title>
</head>
<h1>XML files Uploaded</h1>
<ul><br><br>
<h2><strong>Please click to obtain the result</strong></h2><br><br>
<ul class="nav nav-stacked">
    <li role="presentation"><a href="{{ url_for('run_script') }}">CLICK  
HERE</a></li>
</body>
</html>

@app.route('/run-script')
def run_script():
   result = subprocess.check_output("python main.py", shell=True)
   return render_template('results.html', **locals())

from threading import Thread
@app.route('/run-in-background')
def run_in_background():
    run_func()
    return redirect(url_for('.index'))
def run_func():
    data = { 'some': 'data', 'any': 'data' }
    thr = Thread(target=run_async_func, args=[app, data])
    thr.start()

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