在黑暗战争结束后的一年里，马尔斯致力于阿利提亚的重建，并策划着与希达的婚礼。然而，这一切被哈汀的一封信打断了。曾经是马尔斯战友的哈汀，现在已经成为了阿卡奈亚的皇帝。他要求马尔斯前往哥尔尼亚镇压那里的叛乱。由于阿利提亚是阿卡奈亚的属国，马尔斯不能拒绝这个要求。在安排好阿利提亚的防务后，马尔斯率军前往哥尔尼亚。在那里，他得知了叛乱是由罗连斯——马尔斯在暗黑战争时期的另一位战友——发起的，其目的是为了反抗阿卡奈亚的残酷统治和保护哥尔尼亚的继承人尤蜜娜和尤贝罗。罗连斯由于其在之前的战斗中已受重伤，而在马尔斯面前自尽。临终前，他将哥尔尼亚托付给马尔斯，并告诉他哈汀已经成为了一名不折不扣的暴君。

无视马尔斯的反对，哈汀派来的将军朗还是将两名继承者囚禁起来，然后命令马尔斯再次前往马其顿平叛。米勒娃——还是马尔斯之前的战友——在这次政变中被囚禁了。在米勒娃手下的天马骑士，帕奥拉和卡秋雅的帮助下，马尔斯一行人成功镇压了政变。然而他们得知，米勒娃已经被他的哥哥米歇尔带走。在战斗过程中，他遇见了另外两个曾经的战友：尤利安，带来了米勒娃的妹妹玛丽亚和修女蕾娜失踪的消息；琳达，按照妮娜的要求再次将“火焰纹章”交给了马尔斯。战斗结束后，朗又来了。他要求马尔斯前往抓捕给马尔斯的下一个命令是重新抓获尤蜜娜和尤贝罗，因为他们被奥古玛——又是马尔斯之前的战友——从城堡中救出来逃跑了。这次，马尔斯断然拒绝了朗的要求。朗认为这是对阿卡奈亚的背叛，声称他这是战争行为——刚说完这句话就被杰刚一枪赶走了。朗离开后，他们前往救援奥古玛，尤利娅和朱贝洛，并碰到了正在逃亡的三人。在战斗中，另一位自称希利乌斯的蒙面骑士 偷了孔拉特面具的卡缪 加入了马尔斯的队伍。战斗结束后，希达赶到了现场，带来了阿利提亚已经陷落的消息：阿卡奈亚军队攻占了城池，现仅有艾莉丝率领的少量部队仍在反抗。

为了终结哈汀的暴政，马尔斯击败了驻扎于哥尔尼亚奥尔本要塞的朗。战斗结束后，他们发现温迪鲁被囚禁在当地城堡中。他说，为了防止世界的毁灭，需要收集五枚宝玉，而他就是在收集星之宝玉的碎片中被捕的。此后，他们前往拉满神殿寻找可能遗留的碎片，但是一无所获。此后，他们为逃脱前往哈汀的追捕而前往奇亚斯米尔，却发现当地也被哈汀占领了。由于哈丁携带着暗之宝玉，他们的攻击不能对他造成任何伤害，于是只能从海上逃离，前往魔法都市卡达因寻找击败哈汀暗黑加护的方法。然而，到了当地之后，因嫉妒师傅将咖喱棒传授于马利克而非他而的艾尔连恩正在与马尔斯曾经的战友马利克战斗，夺取了卡德因的控制权，指挥其军队攻击马尔斯和马利克——不过马尔斯最后设法安抚了艾尔连恩并让他加入了自己的队伍。这时，米勒娃也来到了卡达因，称自己奉米歇尔之命再次与马尔斯一同战斗，对抗哈汀。

危机解决后，迦图用魔法与马尔斯取得了联系。迦图告诉他哈汀因暗之宝玉的力量而坠入了黑暗，只有北方冰龙神殿里的光之宝玉才能打破暗之宝玉的防护，击败并拯救哈汀。在谢尼的带领下，马尔斯一行人随着百年前的昂利之路向北方行军，穿越沙漠，坟墓和冰原，与各种各样的龙战斗，收集星之宝玉的碎片。到达冰龙神殿后，迦图将十二块星之宝玉的碎片拼合成星之宝玉，将其，光之宝玉和再次苏醒的琪姬一起交给马尔斯用以击败哈汀。他要求马尔斯必须收集齐五枚宝玉来恢复火焰纹章真正的力量——同时也只有这样才能让琪姬活下来。然后，迦图将马尔斯一行人用传送魔法送到了阿利提亚。

马尔斯再次为将阿利提亚从阿卡奈亚的征服中解放出来而战。战斗结束后，迦图再次用魔法联系了马尔斯，警告他暗黑祭司加内夫已经归来，还绑架了艾莉丝，玛利亚和蕾娜，他接下来很可能会绑架妮娜。为了阻止加内夫，马尔斯率军前往阿卡奈亚首都，企图阻止哈丁并在加内夫绑架妮娜之前找到她——然而，此时妮娜已经被哈丁亲自送给了加内夫。经过战斗后，哈汀被光之宝玉所击败。临死前，他正常的意识复苏了。他深深为自己的所作所为后悔，并恳求马尔斯阻止加内夫，拯救妮娜。四名失踪的女士回到了大家身边，从此阿卡奈亚的大家过上了幸福快乐的日子——

——并没有。从哈丁那里收集到的暗之宝玉，在之前的战斗中收集的地之宝玉和命之宝玉，迦图给予马尔斯星之宝玉和光之宝玉，五枚宝玉一起被安装在了火焰纹章上。火焰纹章展现了它的真面目——封印之盾。封印之盾的力量揭示了这是加内夫的幻术。这时，迦图赶来告诉马尔斯，加内夫正准备利用四名修女（艾莉丝，玛利亚，蕾娜和妮娜）复活暗黑龙梅迪乌斯。为了阻止加内夫，马尔斯前往马其顿边境地区的龙之祭坛。途中，他经过了一个村庄，遇到了身负重伤的米歇尔。他将“星光”——击败加内夫的唯一法术——交给了马尔斯，与他一起前往对抗加内夫。在龙之祭坛中，马尔斯军用星光杀死了加内夫，并夺回了法尔西昂。马尔斯携带着法尔西昂，与伙伴们一起拯救了作为暗黑龙祭品的四位修女，击败了暗黑龙梅迪乌斯，结束了英雄之战。

英雄之战终于结束了，然而阿卡奈亚的大部分王国都遭受了毁灭性的打击。几乎所有幸存的统治者都将其领土的主权让给了马尔斯本人。至此，马尔斯统一了大陆，成立了阿卡奈亚联盟，他成为了阿卡奈亚的第一任国王，并且终于迎娶了希达。在马尔斯的统治下，大陆经历了一段和平的黄金时代。

然而这并不是故事的全部。