使用Kafka工具手动删除消息：可以使用Kafka提供的工具，如kafka-delete-records.sh脚本或kafka-console-consumer工具来手动删除已消费的消息。

使用kafka消费者组管理工具：可以通过管理消费者组来删除已消费的消息。可以重新设置消费者组的offset，使其跳过已消费的消息。

需要注意的是，删除已消费的消息可能会影响到系统的一致性和完整性，需要谨慎处理。