python .loom文件读写
时间: 2024-01-16 13:19:06
浏览: 159
在Python中,可以使用scanpy库来读取和写入.l[oom](https://geek.csdn.net/educolumn/35ca22b8dcea6aa3b42cd6dce321226d?spm=1055.2569.3001.10083)文件。下面是一个示例演示如何读取和写入.l[oom](https://geek.csdn.net/educolumn/35ca22b8dcea6aa3b42cd6dce321226d?spm=1055.2569.3001.10083)文件:
读取.l[oom](https://geek.csdn.net/educolumn/35ca22b8dcea6aa3b42cd6dce321226d?spm=1055.2569.3001.10083)文件:
```python
import scanpy as sc
# 读取.l[oom](https://geek.csdn.net/educolumn/35ca22b8dcea6aa3b42cd6dce321226d?spm=1055.2569.3001.10083)文件
data = sc.read_loom('brain10x.loom', sparse=True)
写入.loom文件:
```python
import scanpy as sc
# 创建一个Scanpy[对象](https://geek.csdn.net/educolumn/04c51611e4b730957464192e0307b82c?spm=1055.2569.3001.10083)
adata = sc.AnnData(X=data)
# 写入.loom文件
adata.write_loom('output.loom')
请注意,上述示例中的'brain10x.loom'是要读取的.loom文件的路径,'output.loom'是要写入的.loom文件的路径。你可以根据实际情况修改这些路径。
相关问题
seurat转换为loom文件
Seurat转换为Loom文件可以使用R语言中的`loomR`包。下面是一些基本的步骤:
1. 安装`loomR`包:在R控制台中输入以下命令安装`loomR`包:
install.packages("loomR")
```
python loomp库中的loom
在Python的loom库中,可以使用add_hierarchy函数来创建层次结构。该函数的用法如下所示:add_hierarchy(loom=loom, hierarchy=create_hierarchy(level.1.name="Mouse", level.2.name="Toy Datasets", level.3.name=""))。<span class="em"