以土族为主要僧源的格鲁派大寺，位于互助土族自治县龙王山南麓，藏语称“郭隆贤巴朗”，意为“寺沟弥勒洲”。明万历三十二年(1604)，西藏第七世嘉色活佛端悦却吉嘉措按照三世达赖喇嘛的生前授记，受四世达赖喇嘛的委派来青海，在一世松布活佛和当地信众支持下兴建，早期有嘉色寝宫、经堂、显宗学院、护法神殿、大厨房等建筑。康熙年间鼎盛时期，有大小经堂、僧舍、昂欠等2000多个院落，僧侣7000多人，设有显宗、密宗、时轮、医宗四大学院。建筑宏伟，可与塔尔寺相媲美，被誉为“湟北诸寺之母”，成为青海地区大寺之一。著名活佛有章嘉、土观、松布、却藏、王佛等。

清雍正元年(1723)青海和硕特蒙古首领罗卜藏丹津反清，寺院被清兵焚毁。清雍正十年(1732)清王朝拨款重建，赐名“佑宁寺”。清同治年间因西北回族反清起义，再次毁于战火。后经第六世土观活佛主持重建，至光绪年间修复，僧众1000余人。民国年间逐渐衰落，至1949年青海解放之前，僧众只有270余名。1957年有396名。1958年宗教制度民主改革，佑宁寺是全省继续开放的11座寺院之一。1966年“文化大革命”中被关闭，寺院的经堂、佛堂和活佛府邸被拆除。1980年7月经地方政府批准重新开放，政府拨款与信教群众布施资助，重新修建了大经堂、小经堂、弥勒佛殿和日月神殿、度母殿、噶当殿、护法神殿、空行神殿、嘉色寝室、土观囊以及470余间僧舍。现寺藏有许多珍贵文物。
藏语名“衮本贤巴朗”，意为“十万佛像弥勒洲”，位于青海省湟中县鲁沙尔镇南莲花山，北距西宁25公里，国务院于1961年3月4日公布为全国重点文物保护单位。塔尔寺和西藏自治区的甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺及甘肃省的拉卜楞寺并称为藏语系佛教格鲁派的六大寺院。又因塔尔寺是格鲁派创始人宗喀巴的诞生地，因此被信教群众称为“第二蓝毗尼(释迦牟尼出生地)”，在全国藏、蒙古、土、裕固、满、纳西、汉等民族群众中有广泛的影响。明洪武十二年(1379)，宗喀巴的母亲香萨阿切，根据正在西藏学经的儿子来信的意愿，在当地僧众的资助下，在宗喀巴诞生处修了一座“莲聚塔”，此即今塔尔寺大金瓦殿内的大灵塔。洪武十九年(1386)，宗喀巴家乡五部藏族，将塔形改为四谛塔形，并为此塔建了一座大殿。此后的170多年中，多次改建维修。明嘉靖三十九年(1560)当地禅师仁钦宗哲坚赞于塔侧修建一座静房。明万历五年(1577)仁钦宗哲又在塔南侧修建弥勒殿，始具寺院规模，人们称为“塔儿寺”，后来改写为塔尔寺。明万历十年(1582)第三世达赖喇嘛索南嘉措第二次到青海，次年驻锡塔尔寺，指示扩建。此后，依次建成达赖行宫、三世达赖灵塔殿、九间殿、依怙殿、释迦殿等。又经蒙古族亲王、郡王、贝勒、贝子、台吉和藏族的千户、百户等的资助，历400余年，建成现在以纪念宗喀巴的菩提塔和大金瓦殿为中心，拥有经堂、佛殿、僧舍等9300余间，占地600亩规模的建筑群，其建筑雄伟辉煌，庄严肃穆，具有浓郁的地方特色和独特的民族艺术风格，是藏、汉劳动人民智慧的结晶。其中，大经堂为平顶藏式建筑，可容数千人，是全寺僧众集结诵经、礼佛和召开会议的地方。
青海塔尔寺不仅是藏语系佛教格鲁派的著名寺院和信教群众的朝拜圣地，而且也是藏语系佛教的经济文化中心。寺内有四大学院，即显宗学院、医宗学院、密宗学院、时轮学院。另有跳神舞院、印经院等，建立有一整套经院教育制度，培养了许多大德高僧，创作并保存了许多珍贵的民族宗教文化遗产。其大经堂、大金瓦殿、文殊菩萨殿(又称九间殿)、弥勒佛殿、释迦佛殿、护法神殿(藏语称赞康，俗称小金瓦寺)、祈寿殿(藏语称贤丹拉康，俗称花寺)、依怙殿、三世达赖灵塔殿以及宝塔、上下酥油花院、活佛府邸、僧舍、大厨房等建筑和被誉为塔尔寺艺术三绝的绘画、堆绣、酥油花以及雕塑、印刷等工艺，已成为藏语系佛教乃至中华民族文化艺术宝库中的重要组成部分。中华人民共和国成立后，塔尔寺受到中国共产党和人民政府的关怀，多次拨款维修，保存完好。尤其是1991年至1995年国务院和青海省人民政府先后投资4000万元，香港邵逸夫先生赞助300万元港币，对塔尔寺班禅行宫、小金瓦殿、大金瓦殿、大经堂、弥勒佛殿、宗喀巴殿等重要建筑进行的大规模维修，是仅次于布达拉宫的文物建筑修缮工程。这次维修费时之久，耗资之巨，投入劳力之多，为塔尔寺有史以来修缮工程之最。新增建山门、藏汉式牌坊。维修期间，江泽民、乔石、吴邦国、王丙乾、李铁映等党和国家领导人莅寺视察。经维修使塔尔寺旧貌换新颜，既展现了瑰丽壮观的丰姿，又保持了古朴典雅的艺术风格，成为青海省乃至国内的著名旅游名胜之一，国内外游客和信教群众前来参观、朝拜者络绎不绝。

丹斗寺，藏语全称“丹斗谢吉央贡”，是藏语系佛教“后弘期”的发祥地之一。位于化隆回族自治县金源乡。公元9世纪中叶，西藏“三贤哲”曾来此定居。喇钦·贡巴饶赛从“三贤哲”出家，受比丘戒成名后，创建丹斗寺，招徒弘法，使西藏佛教再度复兴。因而该寺成为各派信徒向往的圣地，来此修持者络绎不绝。该寺虽地处偏僻，但建筑规模宏大，保存完好，有阿弥鲁迦殿、热杂帕殿、“三贤哲”及喇钦修行殿、弥勒殿、阿柔格西修行殿、大经堂、如意佛塔、僧舍等共约200余间，保存有大量珍贵文物。1988年9月15日被青海省人民政府列为省级重点文物保护单位。