三元九运之学说，来源于奇门遁甲。什么是元？
元，指的就是六十甲子。三元，即三个甲子的总称。奇门与玄空，均以180年为一个大三元。为什么如此，则要从历法及六十甲子飞宫说起。
我国古代历法，采用干支纪年的方式来进行。传说黄帝时期，天降十干。帝命大挠氏作十二支以配之。十干，即甲乙丙丁戊己庚辛壬癸。其中甲、丙、戊、庚、壬为阳，乙、丁、己、辛、癸为阴。十二支，即子丑寅卯辰巳午未申酉戌亥。其中子、寅、辰、午、申、戌为阳，丑、卯、巳、未、酉、亥为阳。而干支的组合，则采用阳干配阳支，阴干配阴支的组合方式，形成了六十甲子，并用之以记录年月日时。六十甲子纪年开始于黄帝元年，即公元前2697年。
至大禹治水，洛书出现。禹帝观其数而治水成，始有洛书之数出现。洛书之数主变，始于一而终于九。取四势之正气，以定其方位，以五奇数统四偶数。所以奇数位居于四正之方，偶数位居于四维之地。载九履一，左三右七，二四为肩，六八为足，五十居中，这就是洛书之数。
洛书的中央一宫，即洛书的中宫，乃周围八宫的核心。古人观测天象，认为北极星(太乙)之位恒居北方，可以作为中心以定位的标准。九宫是据北斗斗柄所指，从天体中找出九个方位上最明亮的星为标志，便于配合斗柄以辨方定位，发现九星的方位及数目，即洛书的方位和数目。其体为北极，用在北斗，并以斗为帝车，以北斗为北极帝星所乘之车。因北斗绕北极而旋转，就是北极帝星乘车临御八方之象。根据斗柄旋指的八宫方位，便能推知四时八节的气象变化，也就能代表地球运转不同的时序。
有了洛书的九宫，即可把六十甲子放置于九宫之中，采用洛书数序的顺序进行飞布。这种飞布六十甲子的方法，我们称之为“六十甲子遁宫”。六十甲子遁取九宫，由于九数与六十数的最小公倍数为180。所以，180年就是一个大周期，也就是一个元运的周期。而且，这个周期，可以用在年、月、日、时上，这就是紫白九星产生的由来。
180年作为一个循环的周期。而使用六十甲子遁宫，要经过三次才能完整。这三个六十甲子的循环，即为三元。以年来遁取的，称之为大三元。180这个周期，又可以用时辰来遁取的，就产生了奇门遁甲的时盘，也可以称之为小三元。即以一个节气为基础，每个节气含十五天。每五天为六十个时辰，为一局。由于冬至、夏至的不同，就产生了阴阳遁的不同，进而产生了阴阳遁十八局。
日、时，因节气的不同，有阴阳之分。以冬于起，到夏至之前为阳遁；以夏至起至冬至之前为阴遁。而年遁，则与节气无关，故没有阴阳之别。所以，只能取阳遁九局。把180除以9，即得20年为一个小周期，这个小周期，我们称之为运。
小周期的产生，即九运的产生，不是空穴来风。它又是与奇门星相学相关联的。这一关联，与木土星运行的客观规律有关。
我国古代的先贤，早就对太阳系及天体有着相当的了解。在奇门星相学中，记载着许许多多的星系。并把这些星系，划分为若干区域。即三垣二十八宿，及太阳系本身的七政，即日月和金木水火土五星。由于地球绕太阳旋转，产生了一年四季二十四节气，此历法上节气的产生，早在黄帝时期就已经开始。又因为月球绕地球旋转，所以产生了不同于其它国家的历法方式，即阴历。而对于五星，先贤最关注的，就是木星与土星。
在太阳系中，木星的质量是最大的，相当于其它八大行星总质量总和的二倍还多。由于它绕太阳一周的周期，约须11.86年，即相当于12年绕太阳一周，与十二支的纪年相对应。于是，把它称之为岁星。其次为土星，其质量、体积都仅次于木星，对地球的影响力较大。我国古代，称之为镇星或填星。土星绕太阳一周，则为29.46年，即相当于30年绕太阳一周。当此二星相会，并同居于地球一侧时，由于引力的变化，会对地球产生极大的影响。所以，它们的相会历来受我国古代星象学家的重视。
我国古代先贤，把一周天划分为360度。
木星每年的平均行度为：360÷11.86=30.354131度。
土星每年的平均行度为：360÷29.46=12.219959度。
土星比木星慢：18.134172度。
360÷18.13412=19.852023年，也就是土木星相会，约二十年一次。而这二十年一次，刚好与九运的小周期相吻合。
星相奇门中，把星体及它们之间的相互关系，分为四十八类不同的方式来辨别，有大小、明暗、远近、离合之分。古代的天文志中，也有大量的关于土木相会的记载，如《晋书.天文志》中，就记载有：“凡五星，土与木合，为内乱，饥”。说明土木合，会引起国家的动乱或饥荒。
土木相会，又分为近、会、离，既二星到达某一角度是，称之为近。也就是说，在某一角度内，此二星会在某些宫次内同时出现，即为近。而通过长期观察，它们必有丁巳、丁酉、丁丑年相近。每一次相近，它们就会对地球产生巨大的负面影响。以近几十年来论，如1937年相近，日军大肆侵华，给中华民族造成巨大的伤害。1957年相近，国内搞大跃进，接着造成了三年的自然灾害。1976年唐山在地震及77年文革结束。1997年，东南亚经济危机等。土木相会，则必在庚子、庚申、庚辰年在巳酉丑宫相会。此时，土木才真正在一条线上。因对地球引力产生变化，会改变地球本身的地壳运动微弱的变化，进而产生地震、火山爆发等因素。相会以后，就是相离，这一段时间往往也是拨乱反正的时间。如1941年起，抗日战争转入相持阶段。1961年起，三年的拨乱反正，使经济得以长足的发展。1981年，农村经济改革等。而土木真正相离，则必在甲子、甲申、甲辰年，此时，新一轮生机勃发的时候，才真正开始。而甲子、甲申、甲辰，正时每个元运开始的标志时间。
值得注意的是，六十甲子飞宫，并不是从黄帝元年开始的。而是从大禹治水时期的公元前2637年的甲子年开始的。
六十与六十的周期，是与宇宙周期相吻合的，而二十年一运的周期，又是与土木相会的周期相吻合的，这就是三元九运产生的根本原理。它源本于太阳系运行的客观规律，并不是人为的分配出来的，是符合自然科学的基础理论。
时下某些玄空学派，居然自创了按八卦阳爻管九年，阴爻管六年的分运方法，这是不可取的。任何学术，根于自然，源于自然，只有这样的学术，才符合科学的道理。
三元九运旺山旺向表
《青囊奥语》：“颠颠倒，二十四山有珠宝，顺逆行，二十四山有火坑玄空风水学中但凡造葬，都得合山水二字，挨星的时候，山向两星按照阴逆阳顺的法则进行飞宫排布，如果山星或向星刚好有旺星飞到，即为旺山或旺向，也叫到山到向。三元九运旺山旺向表如下：
一运、九运没有旺山旺向。（全局合十）
二运旺山旺向局：
丑山未向主丁财两旺，地运120年；
巽山乾向主丁财两旺，地运20年；
未山丑向主丁财两旺，地运160年；
乾山巽向主丁财两旺，地运160年；
亥山巳向主丁财两旺，地运160年；
巳山亥向主丁财两旺，地运20年。
三运旺山旺向局：
卯山酉向主丁财两旺，地运40年；
辰山戌向主丁财两旺，地运20年；
酉山卯向主丁财两旺，地运140年；
辛山乙向主丁财两旺，地运140年；
戌山辰向主丁财两旺，地运160年。
四运旺山旺向局：
艮山坤向主丁财两旺，地运100年；
寅山申向主丁财两旺，地运100年；
甲山庚向主丁财两旺，地运40年；
坤山艮向主丁财两旺，地运60年；
庚山甲向主丁财两旺，地运140年。
五运旺山旺向局：
子山午向主丁财两旺，地运80年
丑山未向主丁财两旺，地运120年；
卯山酉向主丁财两旺，地运40年；
辰山戌向主丁财两旺，地运20年；
午山子向主丁财两旺，地运100年；
未山丑向主丁财两旺，地运60年；
酉山卯向主丁财两旺，地运140年；
辛山乙向主丁财两旺，地运140年；
戌山辰向主丁财两旺，地运160年。
六运旺山旺向局：
艮山坤向主丁财两旺，地运120年；
寅山申向主丁财两旺，地运120年；
甲山庚向主丁财两旺，地运40年；
坤山艮向主丁财两旺，地运60年；
庚山甲向主丁财两旺，地运140年。
七运旺山旺向局：
卯山酉向主丁财两旺，地运40年；
乙山辛向主丁财两旺，地运40年；
辰山戌向主丁财两旺，地运20年；
酉山卯向主丁财两旺，地运180年；
辛山乙向主丁财两旺，地运180年；
戌山辰向主丁财两旺，地运160年。
八运旺山旺向局：
丑山未向主丁财两旺，地运180年；
乾山巽向主丁财两旺，地运160年；
亥山巳向主丁财两旺，地运160年；
巽山乾向主丁财两旺，地运20年；
巳山亥向主丁财两旺，地运20年；
未山丑向主丁财两旺，地运60年
上元：坎坤震巽为正神，乾兑艮离为零神。
下元：乾兑艮离为正神，坎坤震巽为零神。
正、进、相、催、为正神；零、退、休、照、为零神。
正最强，进次强，相、催为平。得风、峰、气口为吉，见水为凶。
零最强，退次强，休、照为平。得水为吉，见风、峰、气口为凶。
正神指丁与贵；零神指妻与财。
排尽九宫九运二百一十六图，唯有一运和九运没有旺山旺向之局，怎么办呢?可采用局合十来补救。所谓合十，有三种情况：
第一种情况是全局合十。即每个宫位之三个数中，有两个数合为十数。或者飞星两数合十，或者运盘之数与飞星山星两数合十，或者运盘之数与飞星向星两数合十。现计二十四局，分列如下：
乾山巽向：一运，运星与向星合十。
九运，运星与山星合十。
亥山巳向：一运，运星与向星合十。
九运，运星与山星合十。
巽山乾向：一运，运星与山星合十。
九运，运星与向星合十。
巳山亥向：一运，运星与山星合十。
九运，运星与向星合十。
丑山未向：二运，运星与向星合十。
八运，运星与山星合十。
未山丑向：二运，运星与山星合十。
八运，运星与向星合十。
子山午向：三运，运星与向星合十。
七运，运星与山星合十。
癸山丁向：三运，运星与向星合十。
七运，运星与山星合十。
午山子向：三运，运星与山星合十。
七运，运星与向星合十。
丁山癸向：三运，运星与山星合十。
七运，运星与向星合十。
庚山甲向：四运，运星与山星合十。
六运，运星与向星合十。
甲山庚向：四运，运星与向星合十。
六运，运星与山星合十。
第二种情况，是坐山与立向对宫运星合十，又加山星与向星对宫合十。 比如，五运之坤艮、艮坤、申寅、寅申。
第三种情况，是按形局，而不以数论的天心十道。
比如来龙与向水拉成直线，坐向之星又当旺，亦谓之合十。此情况一定是形局之两边等量平分。若来龙为过卦之向，是不能使用的。合十有什么功用呢?
合十之功用在于通气，所以亦称通卦。即全局各卦互相通气，山向两卦互相通气。比如，七运子山午向。
九个宫运星与山星全部合十，每个宫都有两气互为相通，即坎卦七与三通，三木之气与七金之气相通，七旺三亦旺，三旺七亦旺，两气皆可旺丁，离卦八与二通，八旺二亦旺。乾卦八与二通，兑卦九与一通，艮卦一与九通，坤卦四与六通，巽卦六与四通，震卦五与五通。
此外，卦与卦之间亦相通。坎卦通中宫，中宫通离卦，离卦通巽卦和坤卦，巽卦通艮卦和兑卦，离卦通乾卦，艮卦又通震卦。这样，九宫互为相通，全旺人丁。
如果是七运午山子向。九个宫运星则与向星全部合十，九宫互为通气，全旺钱财。
由于全局合十，即使不是旺山旺向，亦有旺山旺向之功效。这是全局合十对一运、九运所作的补救。
由于运星有与山星全部合十和与向星全部合十之分，故有旺丁与旺财两个偏向。比如上例，七运子山午向，偏于旺丁；午山子向，偏于旺财。
全局合十的补救作用，是根据什么原理产生的呢?
