1. R

R是常用于统计和画图的计算机语言。

1.1. R包存储库

R 语言可以通过各种宏包来拓展功能，一般通过中央软件存储库下载R包，如R基金会资助的最常用的 The Comprehensive R Archive Network (CRAN) 和存储R开发的生物数据分析包的生物专业软件存储库 Bioconductor 。

1.2. R相关

1.2.1. RStudio

• RStudio 是 R 的集成开发环境 (IDE)。
• 它包括一个控制台、支持直接代码执行的语法高亮编辑器，以及用于绘图、历史、调试和工作区管理的工具。
• 有两种格式：RStudio Desktop 是一个常规的桌面应用程序，而 RStudio Server 运行在远程服务器上，并允许使用Web 浏览器访问 RStudio。

1.2.2. Rtools

• Rtools是 Windows 上从源代码构建 R 包所需的一组程序。
• Rtools为 Windows 平台提供了一个与 R 兼容的工具链，使得Windows平台R的使用与UNIX-ish平台R的使用许多命令一致。它主要包括 GNU make、GNU gcc 和其他在 UNIX-ish 平台上常用的实用程序。
• 如果只使用CRAN 或 Bioconductor 上提供的R包，则无需Rtools，如果使用需要编译的R包（比如ROracle）或者制作自己的R包，则需要Rtools。

2. R的安装和配置

2.1. R for Windows

2.1.1. 安装R

R官网 或者 R清华镜像 下载安装最新版本的R(现在最新版是R4.1.2)。
双击之后按步骤安装。

2.1.2. 安装RStudio Desktop

RStudio官网 下载安装最新版本的Rstudio Desktop。
双击之后按步骤安装。

2.1.3. 安装Rtools

1. 安装Rtools
2. Rtools4 下载安装最新版本的Rtools。
3. 双击之后按步骤安装。
4. 把Rtools加进环境变量
5. R下运行 writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron") ，代表把rtools40/usr/bin作为环境变量写进R的配置文件~/.Renviron。
6. 重启R之后输入 Sys.which("make")
7. 如果环境配置成功，会有下述类似信息 make "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe" ,代表make命令可运行。
8. 上面两步都ok，就测试下能不能通过以下方式安装包 install.packages("jsonlite", type = "source") ，安装成功就说明配置好了。
9. 如果上面加环境变量不成功，在【我的电脑】-【属性】-【高级系统设置】-【环境变量】，把PATH的值加上自己电脑安装Rtools的路径中保存了make.exe的文件夹，比如 C:\\rtools40\\usr\\bin ，再重启R即可。

2.2. R for Linux

2.2.1. 安装R

2.2.1.1. 安装R

R 官网 里参考对应系统的R安装教程。

10. Ubuntu
    apt update , apt upgrade , apt install r-base
11. Centos
    dnf install R
12. Debian
    apt-get update , apt-get install r-base r-base-dev
13. conda安装【推荐】
    conda create -n r r-essentials r-base #创建新环境r，安装r-base(目前是4.1.3版本)，并从CRAN安装所有的r-essentials包，R Essentials 包包含大约 200 个最流行的数据科学 R 包，包括 IRKernel、dplyr、shiny、ggplot2、tidyr、caret 和 nnet。

安装R后 R --version 查看版本，可能非最新版。

2.2.1.2. 手动安装R

R source installation ref ; ref2 。

14. R的依赖
    参考R官方文档 R installation and administration ，包括zlib,bzip,liblzma(XZ),PCRE等。
15. R下载
    R官网 或者 R清华镜像 下载安装最新版本的R(现在最新版是R4.1.2)。
16. R源码安装
    R源码是C语言写的，需要编译安装。

    1 2 3 4 5

    tar zxvf R-4.1.2.tar.gz cd R-4.1.2 ./configure --enable-R-shlib #配置，生成Makefile make #编译 make install #安装

2.2.2. 安装RStudio Server

2.2.2.1. 安装RStudio Server

RStudio Server 运行在远程服务器上，并允许使用Web 浏览器访问 RStudio。

在 RStodio官网 上选择RStudio Server，选相应的系统版本下载。

17. Ubuntu
    sudo apt-get install r-base # for Ubuntu 16
18. CentOS
    wget https://download2.rstudio.org/server/centos8/x86_64/rstudio-server-rhel-2021.09.1-372-x86_64.rpm ,
    sudo yum install rstudio-server-rhel-2021.09.1-372-x86_64.rpm # for CentOS 8

2.2.2.2. 卸载/更新RStudio Server

更新也需要先卸载再安装新的版本。

19. rstudio-server stop #暂停当前RStudio Server服务
20. yum remove rstudio-server #CentOS卸载，或者 apt-get remove rstudio-server #Ubuntu卸载

2.2.2.3. 安装后配置RStudio Server

1. 安装后，通过修改/etc/rstudio/rserver.conf更改端口和R所在路径

1 2 3

www-port=8787 # 端口, 默认8787 www-address=0.0.0.0 rsession-which-r=/opt/sysoft/R-4.1.2/bin/R # 安装R的路径

2. 用 rstudio-server restart 重启服务
   没有任何信息就表示安装成功了，还可以 rstudio-server verify-installation 验证，没有输出就是安装成功。

2.2.2.4. 使用RStudio Server

ps -aux|grep rstudio-server 查看服务是否运行， ipconfig 查看服务器IP地址。

安装配置好RStudio Server后，直接在浏览器打开 http://IP:8787，输入服务器的用户名和密码，即可访问RStudio Server服务。

3. R的配置

类似conda的 ~/.condarc 文件配置conda，R的配置文件是 ~/.Renviron 。
每次启动R都会运行配置文件中的设置和命令。
打开配置文件进行编辑 file.edit('~/.Renviron')

4. R包安装

R 语言可以通过各种宏包来拓展功能，一般通过中央软件存储库下载R包，如最常用的R基金会资助的 The Comprehensive R Archive Network (CRAN) ，存储R开发的生物数据分析包的生物专业软件存储库 Bioconductor ，以及 anaconda 。

4.1. R包安装位置

R包安装前先选择默认的R包安装位置，如果R安装在C盘，原有的默认R包安装位置可能因为是不可写目录等原因在之后的R包安装过程中出现报错，所以最好的办法是自己指定一个全英文，无空格，可写的文件夹。

3. 查看R包默认安装路径

1 2 3

.libpaths() #查看R包默认安装路径，可能有多个 C:/Users/spider/Documents/R/win-library/3.5" C:/Program Files/R/R-3.5.2/library

4. 修改默认安装路径
5. file.edit('~/.Renviron') 打开配置文件进行编辑
6. 在文件中加入一行 R_LIBS_USER="D:/rpackages/" ，注意双引号是英文的，保存然后关闭文件。
7. 重启R后再次查看默认安装路径，如果显示是新的路径即修改成功

1 2	.libpaths() #查看R包默认安装路径，可能有多个 D:/rpackages

4.2. 通过CRAN安装R包

1. install.packages("packagename") R默认的安装方式，会从CRAN下载包并安装。
2. 同时安装多个包: install.packages(c("packagename1","packagename2"))
3. 使用R包下载地址安装: install.packages("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz", repos=NULL, type="source")
4. 下载包到本地后手动安装: install.packages("ggplot2_0.9.1.tar.gz", repos = NULL)

4.3. 通过Bioconductor后安装R包

1. 安装Bioconductor

   1 2 3

   if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.13")

   BiocManager的版本与R版本一一对应，安装时如果版本不对会有提示，根据提示安装对应版本即可。
2. 查看可用的Bioconductor包： BiocManager::available()
3. 安装Bioconductor库里有的R包： BiocManager::install("packagename",version="3.2")
4. 同时安装多个包： BiocManager::install(c("packagename1","packagename2"))

4.4. 通过conda安装R包

在 anaconda官网 查询想要安装的R包，如果库里有可以使用conda安装。

一般需要在包名称前添加r-，比如安装rbokeh和rjava。
conda install r-rbokeh , conda install r-rjava

4.5. 更新和卸载R包

1. 更新： update.packages() ；conda更新R包caret conda update r-caret
2. 卸载： remove.packages() 。

5. R包载入

1. library(packagename)
   如果包不存在，library会停止执行，不返回任何值。
2. require(packagename)
   require会根据包存在与否返回true或false，并继续下面的语句执行。

6. R包使用查询

R包使用方法: help(package="packagename")

7. reference

1. https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/435/
2. 欢迎关注微信公众号： 生信技工
3. 公众号主要分享生信分析、生信软件、基因组学、转录组学、植物进化、生物学概念等相关内容，包括生物信息学工具的基本原理、操作步骤和学习心得。
1. 1. R
   1. 1.1. R包存储库
   2. 1.2. R相关
      1. 1.2.1. RStudio
      2. 1.2.2. Rtools
2. 2. R的安装和配置
   1. 2.1. R for Windows
      1. 2.1.1. 安装R
      2. 2.1.2. 安装RStudio Desktop
      3. 2.1.3. 安装Rtools
   2. 2.2. R for Linux
      1. 2.2.1. 安装R
         1. 2.2.1.1. 安装R
         2. 2.2.1.2. 手动安装R
      2. 2.2.2. 安装RStudio Server
         1. 2.2.2.1. 安装RStudio Server
         2. 2.2.2.2. 卸载/更新RStudio Server
         3. 2.2.2.3. 安装后配置RStudio Server
         4. 2.2.2.4. 使用RStudio Server
3. 3. R的配置
4. 4. R包安装
   1. 4.1. R包安装位置
   2. 4.2. 通过CRAN安装R包
   3. 4.3. 通过Bioconductor后安装R包
   4. 4.4. 通过conda安装R包
   5. 4.5. 更新和卸载R包
5. 5. R包载入
6. 6. R包使用查询
7. 7. reference