在Java中，可以通过以下几种方式设置文件的编码格式：

// 设置读取文件的编码格式
FileInputStream fis = new FileInputStream("input.txt");
InputStreamReader isr = new InputStreamReader(fis, "UTF-8");
// 设置写入文件的编码格式
FileOutputStream fos = new FileOutputStream("output.txt");
OutputStreamWriter osw = new OutputStreamWriter(fos, "UTF-8");
使用File类的setCharset(Charset charset)方法来设置文件的编码格式。该方法接受一个Charset对象作为参数，可以根据需要选择合适的字符编码。
// 设置文件编码格式为UTF-8
File file = new File("file.txt");
Charset charset = Charset.forName("UTF-8");
file.setCharset(charset);
使用BufferedReader和BufferedWriter类来设置文件的编码格式。这两个类分别用于提供缓冲读取和写入功能，可以通过创建它们的实例，并指定字符编码来设置文件的编码格式。
// 设置读取文件的编码格式
FileReader fr = new FileReader("input.txt");
BufferedReader br = new BufferedReader(fr);
// 设置写入文件的编码格式
FileWriter fw = new FileWriter("output.txt");
BufferedWriter bw = new BufferedWriter(fw);
以上是几种常见的设置文件编码格式的方式，根据实际需求选择合适的方法来设置文件的编码格式。