在R语言中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。
（1）LM22.txt获取方法：
在Cibersort论文中（
https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207
）下载Supplementry table 1
LM22.txt获取方法
删除Sheet 1 中表头，只保留矩阵部分。
删除Sheet 1 中表头
得到如下矩阵，另存为制表符分割的txt（“LM22.txt”）
进哥提供了下载好的 LM22.txt
（2）自己的表达矩阵
第一列是基因名，第一行是样品名，不能有重复基因名，第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值，不要对表达量取Log2.
如果表达矩阵中基因不能完全覆盖LM22.txt中的基因，Cibersort同样可以正常运行，但不能少于LM22.txt中所需基因的一半。
表达矩阵保存为制表符分割的txt文本（“DATA.txt”）
表达矩阵示例
（3）Cibersort代码
在R中新建R Script，复制以下网址中代码，保存为“
Cibersort.R
”（进哥已提供，下载后修改后缀为.R）
https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R
（4）以上三个文件需保存在同一文件夹，运行Cibersort的代码如下：
setwd("三个文件的文件夹")
source('Cibersort.R')
result1 <- CIBERSORT('LM22.txt','DATA.txt', perm = 1000, QN = T) #perm置换次数=1000，QN分位数归一化=TRUE
在同一文件夹下可以得到运算结果（”CIBERSORT-Results.txt”）
注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件，建议在每一次运算之后对文件重命名。
进哥您好！在cibersortx网站上，利用单细胞测序数据集构建Signature Matrix File中，怎么做出和示例一样的single cell reference sample file呢？我做的矩阵每个样本的基因都只有一个表达值，是不是我理解有问题呢？QAQ
Error in strsplit(colnames(scmatrix), “.”, fixed = T) :
non-character argument
Calls: CIBERSORTxFractions -> makeRefandClassFiles -> sapply -> strsplit
Execution halted
王博您好，我想创建一个自己的参考基因集~但是遇到了这样的报错。
Error in strsplit(colnames(scmatrix), “.”, fixed = T) :
non-character argument
提示的是你colnames(scmatrix)不是字符型变量，你的样本名称是数字？如果是这样，改成含有字母的编号
其它问题加微信讨论
王老师，您好！我遇到与楼上一样的问题，使用的是CIBERSORTx的网页版，报错如下：
Error: $ operator is invalid for atomic vectors
In addition: Warning messages:
1: In max(Y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In mclapply(1:svn_itor, res, mc.cores = svn_itor) :
all scheduled cores encountered errors in user code
Execution halted
按照您上面的回复检查过列名无重复，请教老师如何解决。谢谢！
您好，我是在CIBERSORTx网站上运行的，数据库格式按照例子来的，应该没有问题，运行就会出现以下错误，不知道怎么回事，期待您的指导。
Error in sample.int(x, size, replace, prob) : invalid ‘size’ argument
Calls: CIBERSORTxFractions -> sort -> doPerm -> sample -> sample.int
Execution halted
Error: $ operator is invalid for atomic vectors
In addition: Warning messages:
1: In CIBERSORTxFractions(mixture = arginitvals[1], sigmatrix = arginitvals[2], :
2 duplicated gene symbol(s) found in mixture file!
2: In mclapply(1:svn_itor, res, mc.cores = svn_itor) :
all scheduled cores encountered errors in user code
Execution halted
你好，我是在cibersortx网站运行的，检查了数据的格式都是正确的但是一直会报这个错误，换成别人的数据（在他的电脑上能跑）也不行，请问您知道这是为什么吗？
1）请问出现报错：原因是？
Error in CIBERSORT(“LM22.txt”, “av_rena.txt”, perm = 1000, QN = F) :
None identical gene between eset and reference had been found.
Check your eset using: intersect(rownames(eset), rownames(reference))
2）samplename可以是分好组的细胞组别吗？
老师，我也是照着您的方法做的，但是最后运行的时候老是报错
results=CIBERSORT(“dd.txt”,”cc.txt”,perm = 50, QN = F)
Error in read.table(mixture_file, header = T, sep = “\t”, row.names = 1, :
不允许有重复的’row.names’
stop(“duplicate ‘row.names’ are not allowed”)
read.table(mixture_file, header = T, sep = “\t”, row.names = 1,
check.names = F) at cibersort.R#126
CIBERSORT(“dd.txt”, “cc.txt”, perm = 50, QN = F)
老师，这个是我的代码
source(‘Cibersort2.R’)
results=CIBERSORT(“LM22.txt”,”dat.exp.txt”,perm = 50, QN = F)
但结果报错提示：
Error in read.table(mixture_file, header = T, sep = “\t”, row.names = 1, :
不允许有重复的’row.names’
3.stop(“duplicate ‘row.names’ are not allowed”)
2.read.table(mixture_file, header = T, sep = “\t”, row.names = 1,
check.names = F) at Cibersort2.R#126
1.CIBERSORT(“LM22.txt”, “dat.exp.txt”, perm = 50, QN = F)
老师，mixture_file这个文件是Cibersort2.R中的一个文件，意思是Cibersort2.R这个里面的代码有问题吗，这个是我去Cibersort官网粘贴的。
mixture_file文件是你自己的表达矩阵文件 你加我微信吧
> setwd(“C:\\Users\\PC\\Desktop\\cibersort”)
> source(‘Cibersort.R’)
> result1 <- CIBERSORT('LM22.txt','DATA.txt', perm = 1000, QN = T)
Error in CIBERSORT("LM22.txt", "DATA.txt", perm = 1000, QN = T) :
没有可中断/下一步骤的循环, 跳到最高层
王博您好，我完全按照您的步骤进行运行，确定没有重复，没有空白，基因也占三分之二，但是就是不行，这种还有其他可能吗。期待得到您的指导！
王 进（Jingle）
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