深圳市軌道交通四號綫由港鐵軌道交通 (深圳) 有限公司 (｢港鐵 (深圳)｣) 營運，該公司為港鐵公司的全資附屬公司。

港鐵 (深圳) 在取得深圳市軌道交通四號綫的特許經營權後，於二零零四年三月一日成立。根據有關特許經營協議，港鐵 (深圳) 負責投資和建造四號綫第二期，以及營運四號綫第一期和第二期，由二零一一年六月十六日起，為期30年。四號綫第一期原本由深圳地鐵營運，共有5個車站，港鐵 (深圳) 於二零一零年七月一日接管第一期的營運工作；第二期共有10個車站，於二零一一年六月十六日投入服務。四號綫總長19.9公里。深圳市軌道交通四號綫延綫共有8個車站，全長10.8公里，於二零二零年十月二十八日正式開通。

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