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matlab 运行报错含有 file2mat 字样
原因:matlab的路径设置有错误。点开matlab的设置路径,要满足以下条件:删除掉REST文件夹,SPM需要添加文件夹(非文件夹及子文件夹),DPABISurf需要添加文件夹及子文件夹。
2.matlab 运行报错 error detected during running fmriprep, please check !
原因:docker没有打开或者image文件未正常运行。
3.matlab报错字样 copyfile …error
原因:docker没有读取到数据文件夹。确认数据所在磁盘及文件夹,点开docker的 file sharing, 把数据所在磁盘或者文件夹添加进去。
4.报错:索引超出数组范围
原因:parallel works 设置错误。将parallel works=1,即可。
若有其他错误,评论区留言,持续更新。
若有需要freesurfer license的同学,10r,帮助登录国外网站申请,通过邮件发license。
今天用linux跑了下DPABISurf,对比前几天用windows跑,感觉还是Linux舒畅。
用window的时候,parallel works 我设置为2,3,4就会报错,说索引超出范围,但是设置为1又太慢了。而今天我用linux跑,parallel works我用的默认0,调用了全部的8个kernel,跑的十分顺畅,所以如果有条件,我还是推荐使用linux去跑DPABISurf,去剥头皮,不然60个被试的话,如果用笔记本,那猴年马月才能跑完。
#第二天
今天记录了一下,3个demo数据,调用全部kernel跑DPABISurf,起始时间20:09,结束时间03:05,一共用了7小时。
比windows舒服太多了,window我之前跑1个demo,10个小时都不见动静,真的是太推荐用linux跑DPABISurf了。
matlab 运行报错含有 file2mat 字样原因:matlab的路径设置有错误。点开matlab的设置路径,要满足以下条件:删除掉REST文件夹,SPM需要添加文件夹(非文件夹及子文件夹),DPABISurf需要添加文件夹及子文件夹。2.matlab 运行报错 error detected during running fmriprep, please check !原因:docker没有打开或者image文件未正常运行。3.matlab报错字样 copyfile …error原因:do.
红圈处,就是容易存在空格,需要在重新命名看一下。
另外,一定要多看看官网,如果预处理一直
报错
,建议先用官网的demo data演示一下,如果没问题,就说明系统跟软件(spm
matlab
dp
abi
)安装没有出错,那么就是数据准备这一块出了错,还需要自己多排查。
更多
报错
信息,请留意官网http://rfmri.org/
DP
ABI
ErrorHandling
使用List会遗漏数据
Parallel.ForEach(list, new ParallelOptions { MaxDegreeOfParallelism = Environment.ProcessorCount },
(u, ParallelLoopState) =>
//处理...
改为 Concu
DP
ABI
Surf
的安装及使用(windows系统)
STEP1: 在Windows搜索框中输入Hyper-V,进入Hyper-V管理器。设置虚拟硬盘和虚拟机的位置为D盘或其他非系统盘,并重新启动电脑。
Hyper-V虚拟硬盘设置
STEP2: 点击
DP
ABI
SURF
1.1 ,如下图所示,从而进入界面。
DP
ABI
界面
STEP3:点击Install,进行官网下载和安装
Docker
。
STEP4:设置
Docker
,分配核(CPU,4GB),Memory(10 GB)。需..
fMRI
dp
abi
处理经验(一)
fMRI
dp
abi
处理经验(一)
dp
abi
用以处理fMRI、MRI数据非常好的
matlab
工具箱,下载地址:link。下面来介绍下我在学习使用的过程中遇到的问题及操作吧。
fMRI处理常见问题
打开
matlab
后再命令窗口输入
dp
abi
打开界面,fMRI使用
dp
arsf界面:
脑区划分 ,点击Define ROI,进入后默认有9种脑区划分模板(各种自带模板介绍网址link),Remove不需要的,保留需要的,也可以通过“+Mask”添加;(ps:贴一个搜集到的脑区划
先说结论,把
dp
abi
50
docker
文件添加到
Matlab
路径下
报错
,未定义函数或变量 ‘
dp
abi
’。原因是。。
docker
不等于
dp
abi
,下错文件了。
真正的文件名是
DP
ABI
_V5.0_201001(或类似)。很有可能是浏览器把弹窗屏蔽了。。所以下不下来。
去下载页面点击download,看是否有弹窗被屏蔽提醒,非常小,不明显。
下面是乌龙详情。。。
进官网下载
dp
abi
页面如下,点击download会跳转到如下页面(下图),我以为要donate之后跳转,试了发现并没有。
回去上个页面(上图)
Volume空间的功能连接基本都明白了。
ROI to brain
定义一个ROI,做它与全脑的功能连接,那么取这个ROI的时间序列平均值,然后把这个平均值和全脑 体素做FC,这个ROI的值是1,其他体素的值就是相关性系数的值。这样我们就得到了全脑的R值。
统计的时候,把多个被试的全脑R值放进去,两组进行对比,每个体素的R值就会有多个被试那么多,所以经过统计,就能得到每个体素的t值。如下图:
(未完待续)
ROI与ROI的对比就更简单了。
取ROI_1的平均时间序列,取ROI_2的平均时间序列,把他们进行
之前用DataTable进行遍历,出现索引超出范围问题,因为List<T>也只支持单线程,改用
ConcurrentBag解决问题。在ParallelForEach/For外的变量要避免同时操作同一个变量造成
数据不一致的情况。
List<T>转为ConcurrentBag
ConcurrentBag<T>concT=newC...