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  1. matlab 运行报错含有 file2mat 字样
    原因:matlab的路径设置有错误。点开matlab的设置路径,要满足以下条件:删除掉REST文件夹,SPM需要添加文件夹(非文件夹及子文件夹),DPABISurf需要添加文件夹及子文件夹。

2.matlab 运行报错 error detected during running fmriprep, please check !
原因:docker没有打开或者image文件未正常运行。

3.matlab报错字样 copyfile …error
原因:docker没有读取到数据文件夹。确认数据所在磁盘及文件夹,点开docker的 file sharing, 把数据所在磁盘或者文件夹添加进去。

4.报错:索引超出数组范围
原因:parallel works 设置错误。将parallel works=1,即可。

若有其他错误,评论区留言,持续更新。

若有需要freesurfer license的同学,10r,帮助登录国外网站申请,通过邮件发license。

今天用linux跑了下DPABISurf,对比前几天用windows跑,感觉还是Linux舒畅。
用window的时候,parallel works 我设置为2,3,4就会报错,说索引超出范围,但是设置为1又太慢了。而今天我用linux跑,parallel works我用的默认0,调用了全部的8个kernel,跑的十分顺畅,所以如果有条件,我还是推荐使用linux去跑DPABISurf,去剥头皮,不然60个被试的话,如果用笔记本,那猴年马月才能跑完。

#第二天
今天记录了一下,3个demo数据,调用全部kernel跑DPABISurf,起始时间20:09,结束时间03:05,一共用了7小时。
比windows舒服太多了,window我之前跑1个demo,10个小时都不见动静,真的是太推荐用linux跑DPABISurf了。

matlab 运行报错含有 file2mat 字样原因:matlab的路径设置有错误。点开matlab的设置路径,要满足以下条件:删除掉REST文件夹,SPM需要添加文件夹(非文件夹及子文件夹),DPABISurf需要添加文件夹及子文件夹。2.matlab 运行报错 error detected during running fmriprep, please check !原因:docker没有打开或者image文件未正常运行。3.matlab报错字样 copyfile …error原因:do. 红圈处,就是容易存在空格,需要在重新命名看一下。 另外,一定要多看看官网,如果预处理一直 报错 ,建议先用官网的demo data演示一下,如果没问题,就说明系统跟软件(spm matlab dp abi )安装没有出错,那么就是数据准备这一块出了错,还需要自己多排查。 更多 报错 信息,请留意官网http://rfmri.org/ DP ABI ErrorHandling 使用List会遗漏数据 Parallel.ForEach(list, new ParallelOptions { MaxDegreeOfParallelism = Environment.ProcessorCount }, (u, ParallelLoopState) => //处理... 改为 Concu
DP ABI Surf 的安装及使用(windows系统) STEP1: 在Windows搜索框中输入Hyper-V,进入Hyper-V管理器。设置虚拟硬盘和虚拟机的位置为D盘或其他非系统盘,并重新启动电脑。 Hyper-V虚拟硬盘设置​​​ STEP2: 点击 DP ABI SURF 1.1 ,如下图所示,从而进入界面。 DP ABI 界面 STEP3:点击Install,进行官网下载和安装 Docker 。 STEP4:设置 Docker ,分配核(CPU,4GB),Memory(10 GB)。需..
fMRI dp abi 处理经验(一) fMRI dp abi 处理经验(一) dp abi 用以处理fMRI、MRI数据非常好的 matlab 工具箱,下载地址:link。下面来介绍下我在学习使用的过程中遇到的问题及操作吧。 fMRI处理常见问题 打开 matlab 后再命令窗口输入 dp abi 打开界面,fMRI使用 dp arsf界面: 脑区划分 ,点击Define ROI,进入后默认有9种脑区划分模板(各种自带模板介绍网址link),Remove不需要的,保留需要的,也可以通过“+Mask”添加;(ps:贴一个搜集到的脑区划
先说结论,把 dp abi 50 docker 文件添加到 Matlab 路径下 报错 ,未定义函数或变量 ‘ dp abi ’。原因是。。 docker 不等于 dp abi ,下错文件了。 真正的文件名是 DP ABI _V5.0_201001(或类似)。很有可能是浏览器把弹窗屏蔽了。。所以下不下来。 去下载页面点击download,看是否有弹窗被屏蔽提醒,非常小,不明显。 下面是乌龙详情。。。 进官网下载 dp abi 页面如下,点击download会跳转到如下页面(下图),我以为要donate之后跳转,试了发现并没有。 回去上个页面(上图)
Volume空间的功能连接基本都明白了。 ROI to brain 定义一个ROI,做它与全脑的功能连接,那么取这个ROI的时间序列平均值,然后把这个平均值和全脑 体素做FC,这个ROI的值是1,其他体素的值就是相关性系数的值。这样我们就得到了全脑的R值。 统计的时候,把多个被试的全脑R值放进去,两组进行对比,每个体素的R值就会有多个被试那么多,所以经过统计,就能得到每个体素的t值。如下图: (未完待续) ROI与ROI的对比就更简单了。 取ROI_1的平均时间序列,取ROI_2的平均时间序列,把他们进行
之前用DataTable进行遍历,出现索引超出范围问题,因为List<T>也只支持单线程,改用 ConcurrentBag解决问题。在ParallelForEach/For外的变量要避免同时操作同一个变量造成 数据不一致的情况。 List<T>转为ConcurrentBag ConcurrentBag<T>concT=newC...