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本資料について

  • 本資料は 新学術「細胞ダイバース」1細胞解析技術講習会(2019年10月開催) 用資料として作成したものを改良したものです。本資料を読むことで、1細胞(RNA-seq)解析に必要な知識や基本的な実践方法を学ぶことができます。

  • 受講者として、シングルセル解析初心者・初級者である生命系の学生および研究者を想定しています。

  • 著作権の問題により、公開しているものは資料の一部のみとなります。完全版はパスワード付き公開となっていますので、閲覧希望の方は中戸までご連絡ください。

  • 本資料は Rstudio, Jupyter notebook, Google Colaboratory というサービスを用いて執筆されています。

  • 使用するプログラミング言語はR, Pythonです。まれにLinuxシェル上での作業が含まれることもあります。

  • News

    2024/2/6: 資料Ver 1.7: Scanpyの内容をアップデート、Anndataを追加しました。
    2023/10/1: 資料Ver 1.6: scVeloの内容をアップデートしました。
    2021/4/28: 資料Ver 1.5: Scanpy, Velocytoを修正,追加。scVeloを追加。Monocle3を非公開ページに移動。
    2021/3/15: 資料Ver 1.4: 更に改定。 一般公開しました。
    2020/5/26: 資料Ver 1.3: 全面的に改定。 Rを使った解析の一部を Rmarkdownに移行しました。
    2019/12/28: 資料Ver 1.2: Dockerコンテナをnotebookと名付けて起動する方法で説明していましたが、「次に起動したらエラーになるのですが」という質問が大変多かったので、”–rm” オプションでコンテナを毎回削除するやり方に変更しました。
    2019/10/23: 資料Ver 1.1: 技術講習会でのフィードバックを元にアップデートしました。
    2019/9/25: 資料Ver 1.0 公開

    資料もくじ

    はじめに

  • 1. Docker / Jupyter notebook
  • 2. Google ColabでscRNA-seq解析
  • 1. Scanpy: Preprocessing and clustering 3k PBMCs
  • 2. Scanpy: trajectory analysis (PAGA)
  • 3. Scanpy: Core plotting functions
  • 4. Scanpy: Integrating data using ingest and BBKNN
  • 5. Scanpy: 空間的トランスクリプトミクスデータの解析と可視化
  • 6. Getting started with anndata
  • 1. Velocyto Introduction
  • 2. Velocyto (implemented in R)
  • 3. Estimation on 10x data using loom and pagoda2
  • 4. Velocyto DentateGyrus
  • 本資料の著作権は中戸に帰属します。

  • 本資料にはクリエイティブコモンズの「 CC BY-NC(表示 - 非営利) 」ライセンスが適用されます。

  • 本資料は個人で学習する目的で自由に利用可能です。企業内での講習など、商用利用は認められていません。

  • 本資料を用いた講義・講習会を実施されたい場合は、個別に許諾を得ていただく必要があります。

  • 問い合わせ先

  • 本資料に記載されている内容や、Dockerイメージについての質問、不具合の報告については中戸 <rnakato AT iqb.u-tokyo.ac.jp> までお知らせください。

  • 本資料に掲載されているツールの利用法の詳細、チュートリアルの記載内容、起きたエラーについての質問は、それぞれの開発元に問い合わせてください。

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