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直接取log绘制不报错,但做 scale 时报错:

Error in hclust(d, method = method) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

原因是数据中有标准差sd为0的行,做归一化时报错。pheatmap中做归一化采用的是scale方法:
因此如果要做scale,需要将这样的行去掉:

test <- data[apply(data, 1, function(x) sd(x)!=0),]
pheatmap(test,scale = "row")
https://stackoverflow.com/questions/30350438/pheatmap-scale-row-giving-error-in-hclustd-method-method-na-nan-inf-in
https://zhuanlan.zhihu.com/p/30518877