Slurm 作业调度系统 ¶

SLURM （Simple Linux Utility for Resource Management）是一种可扩展的工作负载管理器，已被全世界的国家超级计算机中心广泛采用。它是免费且开源的，根据 GPL通用公共许可证发行。

本文档将协助您通过 Slurm 管理作业。在这里可以找到更多的工作样本。

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Slurm 概览 ¶

$ sinfo
PARTITION AVAIL  TIMELIMIT  NODES  STATE NODELIST
cpu         up  30-00:00:0    656   idle cas[001-656]
dgx2        up  30-00:00:0      8   idle vol[01-08]
默认情况下，squeue只会展示在排队或在运行的作业。
$ squeue
JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
18046      dgx2   ZXLing     eenl  R    1:35:53      1 vol04
17796      dgx2   python    eexdl  R 3-00:22:04      1 vol02
显示您自己账户下的作业：
squeue
JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
17923      dgx2     bash    hpcwj  R 1-12:59:05      1 vol05
-l选项可以显示更细节的信息。
squeue
JOBID PARTITION     NAME     USER    STATE       TIME TIME_LIMI  NODES NODELIST(REASON)
17923      dgx2     bash    hpcwj  RUNNING 1-13:00:53 30-00:00:00    1 vol05
这是一个名为cpu.slurm的作业脚本，该脚本向cpu队列申请1个节点40核，并在作业完成时通知。在此作业中执行的命令是/bin/hostname。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hostname
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -N 1
#SBATCH --mail-type=end
#SBATCH --mail-user=YOU@EMAIL.COM
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
/bin/hostname
用以下方式提交作业：
sbatch cpu.slurm
squeue可用于检查作业状态。用户可以在作业执行期间通过SSH登录到计算节点。输出将实时更新到文件[jobid]
.out和[jobid] .err。
这里展示一个更复杂的作业要求，其中将启动80个进程，每台主机40个进程。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=LINPACK
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH -n 80
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --mail-type=end
#SBATCH --mail-user=YOU@EMAIL.COM
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
以下作业请求4张GPU卡，其中1个CPU进程管理1张GPU卡。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=GPU_HPL
#SBATCH --partition=dgx2
#SBATCH -n 4
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --gres=gpu:4
#SBATCH --mail-type=end
#SBATCH --mail-user=YOU@MAIL.COM
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
以下作业启动一个3任务序列（从0到2），每个任务需要1个CPU内核。关于 π 集群上的Python，您可以查阅我们的Python文档。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=python_array
#SBATCH --mail-user=YOU@MAIL.COM
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --array=0-2
#SBATCH --output=python_array_%A_%a.out
#SBATCH --output=python_array_%A_%a.err
module load miniconda2/4.6.14-gcc-4.8.5
source activate YOUR_ENV_NAME
echo "SLURM_JOBID: " $SLURM_JOBID
echo "SLURM_ARRAY_TASK_ID: " $SLURM_ARRAY_TASK_ID
echo "SLURM_ARRAY_JOB_ID: " $SLURM_ARRAY_JOB_ID
python < vec_${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.py
srun 和 salloc  交互式作业¶
srun可以启动交互式作业。该操作将阻塞，直到完成或终止。例如，在计算主机上运行hostname。
$ srun -N 1 -n 4 -p small hostname
cas006
启动远程主机bash终端：
srun -p small -n 4 --exclusive --pty /bin/bash
或者，可以通过salloc请求资源，然后在获取节点后登录到计算节点：
salloc -N 1 -n 4 -p small
ssh casxxx
scontrol: 查看和修改作业参数
查看更多的信息：
$ sacct --format=jobid,jobname,account,partition,ntasks,alloccpus,elapsed,state,exitcode -j 3224
查看平均作业内存消耗和最大内存消耗：
$ sacct --format="JobId,AveRSS,MaxRSS" -P -j xxx