姓 名:朱瑞新
学 位:博士
导师情况:博士生导师
研究领域:生物信息学
研究方向:
1.
人工智能与药物设计
(非酒精性脂肪肝、炎症性
肠病等药物筛选和设计);
2.
人工智能与微生物组
(
无创诊断、宿主
-
微生物互作和合成生物学
)
;
3.
数据密集型
(数据驱动)
研究
算法与平台开发
。
课题组网站:
cadd.tongji.edu.cn
E-mail
:
[email protected]
个人简介
:
朱瑞新博士现任同济大学生命科学与技术学院生物信息系教授、博士生导师。
兼任同济大学附属第十人民医院特聘研究员。
2001
年毕业于兰州大学化学化工学院,获化学学士学位。
2007
年毕业于中国科学院上海有机化学研究所,获计算机化学博士学位。
2007-2008
年在上海生物信息技术研究中心从事科研工作。
2008
年至今在同济大学生命科学与技术学院从事教学
和科研工作。
朱瑞新博士领导的课题组研究方向聚焦人工智能与药物设计、人工智能与微生物组及数据密集型
研究
算法与平台开发。
以第一或通讯作者身份
(
含并列
)
在包括
Nature Microbiology
、
Nature Ecology & Evolution
、
Nature Protocols
、
Nature Communications
和
Cell Reports Medicine
等知名期刊发表
SCI
论文
75
篇(截止到
2024
年
6
月)。主编出版了国内
“
计算机辅助药物设计
”
第一本本科生专业教材:
《
计算机辅助药物设计:基本方法原理概要与实践详解
》
(朱瑞新编著,大连理工大学出版社,
2011
年,
ISBN 978-7-5611-6104-3
)。任期刊
Frontiers in Pharmacology
(IF=5.81)
和
Frontiers in Microbiology
(IF=5.64)
副主编。同时,为以下期刊担任审稿:
Nature Medicine
、
Nature Microbiology
、
Signal Transduction and Targeted Therapy
、
Briefings in Bioinformatics
、
Genomics, Proteomics & Bioinformatics
、
Journal of Chemical Information and Modeling
和
Bioinformatics
等
。
现主持国家自然科学基金面向项目
1
项(疾病微生物,
2022-
)、国家重点研发计划子任务
1
项(
IT & BT
,
2022-
)、国家自然科学基金重大研究计划集成项目子课题
1
项(微生物大数据平台建设,
2023-
)。已培养出
2
名独立
PI
(浙江大学
/
吴顶峰、复旦大学
/
焦娜)。
主持的科研项目
1.
2023-2024
,
国家自然科学基金重大研究计划集成项目
(
编号
: 92251307)
第二课题
2.
2022-2024
,国家重点研发计划
(
编号
: 2021YFF0703700/2021YFF0703702)
子任务
3.
2022-2025
,国家自然科学基金
(
编号
: 82170542)
4
.
2018-2021
,国家自然科学基金
(
编号
: 81774152)
5
.
2016-2019
,上海市自然科学基金
-
探索类项目
(
编号
:16ZR1449800)
6
.
2015-2016
,中央高校基本科研业务费专项资金
-
跨学科交叉项目
(
编号
:10247201546)
7
.
2013-2015
,国家自然科学基金
(
编号
:31200986)
8
.
2013-2014
,中央高校基本科研业务费专项资金
-
英才计划
(
编号
:2000219083)
9
.
2010-2012
,教育部高等学校博士学科点专项科研基金
(
编号
:2010-0072120050)
10
. 2008-2009
,同济大学青年优秀人才培养行动计划
(
编号
:2008KJ073)
11
. 2007-2010
,上海市自然科学基金项目
(
编号
:07ZR14085)
代表性论文
1. Wanning Chen
$
, Yichen Li
$
, Wenxia Wang
$
, Sheng Gao, Jun Hu, Bingjie Xiang, Dingfeng Wu, Na Jiao, Tao Xu, Min Zhi*, Lixin Zhu*,
Ruixin Zhu*
(
2024).
Enhanced microbiota profiling in patients with quiescent Crohn's disease through comparison with paired healthy first-degree relatives.
Cell Reports Medici
ne,
https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101624
.
2.
Na Jiao
*
,
Lixin
Zhu
*
,
Ruixin
Zhu
*
.
(2024). The search for authentic microbiome–disease relationships.
Nature Medicine
, https://doi.org/10.1038/s41591-024-02920-z.
3. Wenxing
Gao
#
,
Weili
Lin
#
,
Qiang
Li
#
,
Wanning
Chen,
Wenjing
Yin,
Xinyue
Zhu, Sheng Gao, Lei Liu, Wenjie Li,
Dingfeng
Wu,
Guoqing
Zhang
*
,
Ruixin
Zhu
*
, Na Jiao
*
. (2024).
Identification and validation of microbial biomarkers from cross-cohort datasets using
xMarkerFinder
,
Nature Protocols
,
https://doi.org/10.1038/s41596-024-00999-9.
4. Xiang Gao
#
,
Ruicong
Sun
#
, Na Jiao
#
, Xiao Liang,
Gengfeng
Li, Han Gao,
Xiaohan
Wu,
Muqing
Yang, Chunqiu Chen, Liang Chen, Wei Wu, Zhong Li,
Yingzi
Cong,
Ruixin
Zhu*
,
Tiannan
Guo*,
Zhanju
Liu*. (2023). Integrative multi-omics deciphers the spatial characteristics of host-gut microbiota interactions in Crohn’s disease.
Cell Reports Medicine
, 4(6), 101050. DOI:
https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2023.101050
.
5. Dingfeng
Wu
#
, Lei Liu
#
, Na Jiao
#
,
Yida
Zhang, Li Yang,
Chuan
Tian, Ping Lan,
Lixin
Zhu*, Rohit Loomba*, and
Ruixin
Zhu
*. (2022). Targeting Keystone Species Helps Restore the Dysbiosis of Butyrate
‐
Producing Bacteria in Nonalcoholic Fatty Liver Disease.
iMeta
, e61.
https://doi.org/10.1002/imt2.61
.
6. Ning-Ning Liu
#
, Na Jiao
#
, Jing-Cong Tan
#
,
Ziliang
Wang
#
,
Dingfeng
Wu, An-Jun Wang,
Jie
Chen,
Liwen
Tao,
Chenfen
Zhou, Wenjie Fang, Io Hong Cheong,
Weihua
Pan,
Wanqing
Liao,
Zisis
Kozlakidis
,
Christopher Heeschen
, Geromy G. Moore, Lixin Zhu *, Xingdong Chen *, Guoqing Zhang *,
Ruixin Zhu *
, Hui Wang *. (2022).
Multi-kingdom microbiota analyses identify bacterial-fungal interactions and biomarkers of colorectal cancer across cohorts.
Nature Microbiology
, 7: 238–250. DOI: https://doi.org/10.1038/s41564-021-01030-7.
ESI
高被引论文
7. Yuanqi Wu #, Na Jiao #,
Ruixin Zhu
*, Yida Zhang, Dingfeng Wu, An-Jun Wang, Sa Fang, Liwen Tao, Yichen Li, Sijing Cheng, Xiaosheng He,Ping Lan, Chuan Tian *, Ning-Ning Liu *, Lixin Zhu *. (
2021
). Identification of microbial markers across populations in early detection of colorectal cancer.
Nature Communications
.
DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23265-y. ESI高被引论文
8. Lu Fan†,*, Dingfeng Wu†, Vadim Goremykin†, Jing Xiao, Yanbing Xu, Sriram Garg, Chuanlun Zhang, William F. Martin*,
Ruixin Zhu
*
. (2
020
). Phylogenetic analyses with systematic taxon sampling show that mitochondria branch within Alphaproteobacteria.
Nature Ecology & Evolution
, DOI: https://doi.org/10.1038/s41559-020-1239-x.
9. Na Jiao†, Susan S Baker*, Adrian Chapa-Rodriguez, Wensheng Liu, Colleen A Nugent, Maria Tsompana, Lucy Mastrandrea, Michael J Buck, Robert D Baker, Robert J Genco,
Ruixin Zhu
*
, Lixin Zhu*. (
2018
). Suppressed hepatic bile acid signalling despite elevated production of primary and secondary bile acids in NAFLD.
Gut
. 67(10):1881-1891.
ESI高被引论文
主编教材
《计算机辅助药物设计:基本方法原理概要与实践详解》
朱瑞新
编著,大连理工大学出版社,
2011
年,
ISBN 978-7-5611-6104-3
。
(国内
“
计算机辅助药物设计
”
第一本本科生专业教材,
获同济大学首届本科生优秀教材奖)
教学情况
1.
2020-,
宏基因组学
(
生命科学、医学、药学、地球科学和环境科学等专业
)
2.
2015-2017
,计算基因组学
(
生物信息专业
)
3.2014-2015
,生物信息学
II(
拔尖班
)
4.
2011-2014
,生物信息学实验
(
生物技术专业
)
5.
2010-
,课程设计
(
生物信息专业
)
6.
2009-
,计算机辅助药物设计
(
生物信息专业
)
获得荣誉
1.
2022
年,入选《同济大学
2021
年国际合作论文
100
篇汇编》。
2.
2021
年,同济大学优秀硕士学位论文指导教师。
3
.
2019
年,同济大学优秀博士学位论文指导教师。
4
.
2019
年
,同济大学
“
优秀毕业设计指导教师
”(
生物信息专业唯一名额,再次蝉联
)
。
5
.
2018
年
,同济大学
“
优秀毕业设计指导教师
”(
生物信息专业唯一名额,再次蝉联
)
。
6
.
2017
年,同济大学生命科学与技术学院
“
年度考核优秀科研工作者
”
。
7
.
2017
年
,同济大学
“
优秀毕业设计指导教师
”
(
生物信息专业唯一名额,再次蝉联
)
。
8
.
2016
年,同济大学
“
优秀本科生教材二等奖
”
。
9
.
2016
年
,同济大学
“
优秀毕业设计指导教师
”
(
生物信息专业唯一名额,蝉联
)
。
10
.2015
年,同济大学生命科学与技术学院
“
先进工作者
”
。
11
.2015
年,同济大学生命科学与技术学院
“
年度考核优秀教师
”
。
1
2
.2015
年,同济大学年度考核被评为
“
校优
”(
排名第一
)
。
1
3
.
2015
年
,同济大学
“
优秀毕业设计指导教师
”
(
生物信息专业唯一名额
)
。
1
4
.2012
年,同济大学
“
教学奖二等奖
”
。
1
5
.2012
年,同济大学
“
优秀青年教师优青计划
” (
英才计划
)
。
1
6
.2012
年,同济大学生命科学与技术学院首届
“
教学贡献奖二等奖
”
。
1
7
.2010
年,首届同济大学
“
优秀青年教师培育计划
” (
英才计划
)
。