题目：Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening

文献来源:https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c01145 （J. Chem. Theory Comput.）

代码：https://labs.dp.tech/projects/uni-dock-serving/

简介：分子对接是一种基于结构的虚拟筛选方法，是从分子数据库中丰富潜在生物活性分子的可靠工具。随着化合物文库规模的快速扩大，现有的分子对接程序的速度不足以满足筛选包含数千万或数十亿分子的超长文库的需求。在这里，作者提出了Uni-Dock，一个gpu加速的分子对接程序，支持各种评分功能，包括vina，vinardo，和ad4。与运行在单CPU核心的AutoDock Vina相比，Uni-Dock实现了超过1000倍的高精度加速，优于报告的GPU加速的包括UutoDockGPU和Vina-GPU的对接程序。单码头使用每个分子的并发线同时分批对接分子。对GPU和CPU之间的数据流进行优化，消除CPU热点，最大化GPU效用。此外，Uni-Dock还支持所有评分功能的氢键偏置对接，并可以迁移到不同架构和制造商的多个gpu中。作者分析了Uni-Dock在CASF-2016和DUD-E数据集上的改进性能，并推荐了针对不同对接场景的三种超参数组合。为了证明UniDock在常规筛选超边缘库方面的能力，使用100 NVIDIA V100的12小时内对KRAS G12D进行了分层虚拟筛选实验。据我们所知，Uni-Dock应该是迄今为止最快的gpu加速对接程序。

主要内容：

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