from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
mol=AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')#将pdb表示分子转换为mol对象
molSmiles=Chem.MolToSmiles(mol)#将mol对象转换为smiles
主要利用RDKitfrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem import AllChemmol=AllChem.MolFromPDBFile('mol.pdb')#将pdb表示分子转换为mol对象molSmiles=Chem.MolToSmiles(mol)#将mol对象转换为smiles
from rdkit import Chem
mol
= rdkit.Chem.rd
mol
files.
Mol
From
PDB
File('CHEMBL519111.conf1.
pdb
')
Chem.
Mol
To
Smiles
(
mol
)
这个代码可以用于自动把所有
分子
的
分子
图保存为png格式。
import sys
sys.path.append('/home/li/.conda/envs/li/lib/python3.7/site-packages')
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
smis=[]
for i in open ("/home/li/draw_
mol
ecule_picture/moses2_
smiles
.txt"):
smis.append(
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
print('rdkit version: ',rdBase.rdkitVersion)
读取
pdb
文件
mol
= AllChem.
Mol
From
PDB
File('
mol
.
pdb
')
Mol
对象
转
换
smiles
mol
smiles
= Chem.
Mol
ToSm
from Bio import SeqIO
from Bio.
PDB
import
PDB
IO
from Bio.
PDB
.Polypeptide import PPBuilder
2. 使用SeqIO模块读取fasta
文件
和创建一个新的
PDB
结构：
```python
fasta_file = "your_fasta_file.fasta"
pdb
_code = "your_
pdb
_code"
seq_record = SeqIO.read(fasta_file, "fasta")
structure =
PDB
IO.
PDB
IO()
structure.set_structure(
pdb
_code)
3. 使用PPBuilder模块将序列添加到结构中：
```python
ppb = PPBuilder()
for pp in ppb.build_peptides(seq_record.seq):
structure.structure[0].add(pp)
4. 将结构保存为
pdb
文件
：
```python
output_
pdb
_file = "output.
pdb
"
structure.save(output_
pdb
_file)
记得将"your_fasta_file.fasta"替换为你的fasta
文件
路径，"your_
pdb
_code"替换为你想要的
pdb
代码，以及将"output.
pdb
"替换为你想要保存的
pdb
文件
路径。运行代码后，你将得到
转
换后的
pdb
文件
。
希望这对你有所帮助！如果你有任何其他问题，请随时问我。
