1982年にマハティール首相(当時)が提唱した「東方政策」、頻繁な要人往来、直接投資や貿易・技術協力などを通じた緊密な経済関係、活発な文化・留学生交流に支えられ、二国間関係は全般的に良好。2015年には、ナジブ首相(当時)訪日の際に、地域や国際社会の幅広い課題について、今後一層協力を強化する「戦略的パートナーシップについての日マレーシア共同声明」を発出。2022年には東方政策40周年を迎えた。2023年には、アンワル首相訪日に際して日マレーシア共同声明を発出し、両国関係を「包括的・戦略的パートナーシップ」に格上げした。